| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,442,572 | A→G | 5.0% | intergenic (‑101/+46) | rpsM ← / ← rpmJ | 30S ribosomal subunit protein S13/50S ribosomal subunit protein L36 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,442,572 | 0 | A | G | 5.0% | 566.8 / 12.7 | 179 | intergenic (‑101/+46) | rpsM/rpmJ | 30S ribosomal subunit protein S13/50S ribosomal subunit protein L36 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (98/72); new base G (6/3); total (104/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
TTACGGCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGAAG > NC_000913/3442423‑3442721 | ttACGGCATGCTTATGATCAGGGATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTaa < 1:675972/150‑1 (MQ=255) tACGGCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAAt < 2:1671933/150‑1 (MQ=255) gCATGCTTATGATCAGGAATGATAATGCATGCTATACGGGCAACTATGCACTCCAACTATTTAATATGAACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAAACTAg > 2:267008/1‑150 (MQ=255) 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aTCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAGATTAGCCAGccaatct > 1:2218076/1‑144 (MQ=255) tCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAAccc < 1:288929/150‑1 (MQ=255) ggAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAAc > 2:1417484/1‑150 (MQ=255) ggAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAAc > 1:2032483/1‑150 (MQ=255) ttAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCa > 1:578512/1‑150 (MQ=255) 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gagctggctAGATTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTc > 2:2450814/3‑150 (MQ=255) gctggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCtt > 1:1502795/1‑150 (MQ=255) gctggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCtt < 2:1975258/150‑1 (MQ=255) gctggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCtt < 2:1502795/150‑1 (MQ=255) gctggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCtt > 1:770209/1‑150 (MQ=255) gctggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCtt > 2:1880845/1‑150 (MQ=255) ctggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTg > 1:2163811/1‑150 (MQ=255) ggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGAc < 2:2405633/150‑1 (MQ=255) ggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGAc > 2:7794/1‑150 (MQ=255) ggctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGATGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGAc < 1:1241246/150‑1 (MQ=255) gctAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACg > 2:1196913/1‑150 (MQ=255) | TTACGGCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGAAG > NC_000913/3442423‑3442721 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |