Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,442,574 | C→T | 5.0% | intergenic (‑103/+44) | rpsM ← / ← rpmJ | 30S ribosomal subunit protein S13/50S ribosomal subunit protein L36 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,442,574 | 0 | C | T | 5.0% | 585.2 / 10.8 | 178 | intergenic (‑103/+44) | rpsM/rpmJ | 30S ribosomal subunit protein S13/50S ribosomal subunit protein L36 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (99/70); new base T (6/3); total (105/73) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
ACGGCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCAAGAAAAATATGCGAAAAAATCAGCCTTGGCGCTGTTTATGCTTCGGCTCGGCACTGCAAATCACACGGATGACACCATCACGCTTAACGATTTTGCAGTTACGGCATAATTTCTTGACGGAAGCA > NC_000913/3442425‑3442723 | aCGGCATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATc < 1:581825/150‑1 (MQ=255) cATGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGc < 1:286676/150‑1 (MQ=255) aTGCTTATGATCAGGAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGcc < 1:2464613/150‑1 (MQ=255) 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ggAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAAc > 1:2032483/1‑150 (MQ=255) ggAATGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAAc > 2:1417484/1‑150 (MQ=255) aaTGTTAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACtt > 2:216758/1‑150 (MQ=255) tGTTAATGCCTGCTATACGGGCCAATATGAACTCCTACTATTTAAAATGTACGTTCCATGCTTAAAAGCCCGTTTTCAGTATACTCAAATGTAAACGCACATACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTg < 2:2319253/150‑1 (MQ=255) ttAATGCCTGCTATACGGGCCACTATGCACTCCTACTATTTAATATGTACGTTCCATGCTGAAAAGCCCGTTTTCAGGATACTCAAATGGAAACGCACAGACATACAAAAGATTGGCTGGCTAATCTAGCCAGCTCAACCCAACTTTGCa < 1:342749/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |