Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 357,156 | T→A | 6.6% | L329Q (CTG→CAG) | codA → | cytosine/isoguanine deaminase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 357,156 | 0 | T | A | 6.6% | 470.9 / 16.7 | 151 | L329Q (CTG→CAG) | codA | cytosine/isoguanine deaminase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (69/72); new base A (6/4); total (75/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.33e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
CAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGGAAACAGCGCCAACCTGATTA > NC_000913/357007‑357305 | cAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATAtgct > 1:1030898/1‑150 (MQ=255) atatTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATAtgctgc < 1:1853932/150‑1 (MQ=255) ttCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAg > 1:220476/1‑150 (MQ=255) 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aaaaCGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGtt > 1:1170128/1‑150 (MQ=255) aaCGTCGCGGCATCACGTGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGa < 1:1413986/150‑1 (MQ=255) gcgGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCt < 2:386135/150‑1 (MQ=255) cgGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTa > 2:2312343/1‑150 (MQ=255) ggCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTAc < 2:105387/150‑1 (MQ=255) 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ctgcAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGGAAACAGCGCCAACCTGAtt > 1:1191250/1‑150 (MQ=255) ctgcAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGGAAACAGCGCCAACCTGAtt > 1:26061/1‑150 (MQ=255) | CAATATTCATCTGCAAGGACGTTTCGATACGTATCCAAAACGTCGCGGCATCACGCGCGTTAAAGAGATGCTGGAGTCCGGCATTAACGTCTGCTTTGGTCACGATGATGTCTTCGATCCGTGGTATCCGCTGGGAACGGCGAATATGCTGCAAGTGCTGCATATGGGGCTGCATGTTTGCCAGTTGATGGGCTACGGGCAGATTAACGATGGCCTGAATTTAATCACCCACCACAGCGCAAGGACGTTGAATTTGCAGGATTACGGCATTGCCGCCGGAAACAGCGCCAACCTGATTA > NC_000913/357007‑357305 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |