| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,485,380 | A→G | 6.4% | intergenic (+21/+34) | prkB → / ← yhfA | putative phosphoribulokinase/OsmC family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,485,380 | 0 | A | G | 6.4% | 437.4 / 13.3 | 143 | intergenic (+21/+34) | prkB/yhfA | putative phosphoribulokinase/OsmC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (71/62); new base G (6/3); total (77/66) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GTTGCAAGGCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCTTCACAACGGGATAGTTAAGTCACGCGGCAACCACTTCATACGAGTGAGTAATATTCACCGCTTTTTCCAGCATCAACGCCACTGAACAATATTTCTCGGCAGAGAGATCAACCGCACGCGCAACCGCTGCGTCTT > NC_000913/3485233‑3485529 | gTTGCAAGGCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATaaaa > 2:2169595/1‑150 (MQ=255)gTTGCAAGGCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATaaaa > 2:2158245/1‑150 (MQ=255) ttGCAAGGCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATTGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAAt < 1:1305889/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |