Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,485,384 | A→T | 6.1% | intergenic (+25/+30) | prkB → / ← yhfA | putative phosphoribulokinase/OsmC family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,485,384 | 0 | A | T | 6.1% | 475.1 / 13.8 | 147 | intergenic (+25/+30) | prkB/yhfA | putative phosphoribulokinase/OsmC family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (74/64); new base T (6/3); total (80/67) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
TGCAAGGCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCTTCACAACGGGATAGTTAAGTCACGCGGCAACCACTTCATACGAGTGAGTAATATTCACCGCTTTTTCCAGCATCAACGCCACTGAACAATATTTCTCGGCAGAGAGATCAACCGCACGCGCAACCGCTGCGTCTTTCAG > NC_000913/3485235‑3485533 | ggCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATc > 2:1084405/1‑150 (MQ=255) ggCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATc > 2:2240175/1‑150 (MQ=255) gCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATcc > 2:1824917/1‑150 (MQ=255) cTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCg < 1:876450/150‑1 (MQ=255) cTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCg > 2:1483121/1‑150 (MQ=255) acattcataTCCCACATCAATACCTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGACTCGCAAGCGAAATAATAATGCAGCCCCTGCTGCAACCATTGATCCAACGAAACAAAATCGACAAACTCTGCTATTACGCCCGATAAAATACTAACCgg > 2:969391/2‑150 (MQ=255) attcattTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAGTATTTTATCCgacg < 2:2309772/150‑4 (MQ=255) attcattTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAGTATTTTATCCGGcg < 1:2105358/150‑2 (MQ=255) attcattTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCt > 1:1265506/1‑150 (MQ=255) ttcattTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCtt > 2:312840/1‑150 (MQ=255) tcattTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATTGTTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTTCCGCTGGTTCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCAGGATAAAATACTATCCGGCTTc < 1:337034/150‑1 (MQ=255) tcattTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCTTc < 1:1685678/150‑1 (MQ=255) cattTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCTTca > 1:1463126/1‑150 (MQ=255) tCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCTTCACAAc > 2:451549/1‑150 (MQ=255) cccACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGATGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCTTCACAACg > 2:1438430/1‑150 (MQ=255) cacaTCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCTTCACAACggg > 1:285574/1‑150 (MQ=255) cAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCTTCACAACGGGATAGt < 2:1525132/150‑1 (MQ=255) aCGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCTTCACAACGGGATAGTTAAg < 1:2282091/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |