| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,485,385 | C→T | 6.0% | intergenic (+26/+29) | prkB → / ← yhfA | putative phosphoribulokinase/OsmC family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,485,385 | 0 | C | T | 6.0% | 468.2 / 11.4 | 149 | intergenic (+26/+29) | prkB/yhfA | putative phosphoribulokinase/OsmC family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (74/64); new base T (6/3); total (81/68) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
CAAGGCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATCCGGCTTCACAACGGGATAGTTAAGTCACGCGGCAACCACTTCATACGAGTGAGTAATATTCACCGCTTTTTCCAGCATCAACGCCACTGAACAATATTTCTCGGCAGAGAGATCAACCGCACGCGCAACCGCTGCGTCTTTCAG > NC_000913/3485237‑3485533 | cAAGGCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACt > 1:2083765/1‑150 (MQ=255) ggCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATc > 2:2240175/1‑150 (MQ=255) gCTCATTCATTTCCCACATCAATACGTTAGTGGTACCGGGCGGCAAAATGGGTCTGGCAATGGAATTAATTATGCTGCCGCTGGTGCAACGATTGATGGAAGGAAAGAAAATCGAGTAACTCTGCTATTACGCCGGATAAAATACTATcc > 2:1824917/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |