Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,569,437 | T→C | 7.2% | H628R (CAC→CGC) ‡ | glgX ← | limit dextrin alpha‑1,6‑glucohydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,569,437 | 0 | T | C | 7.2% | 479.7 / 20.2 | 166 | H628R (CAC→CGC) ‡ | glgX | limit dextrin alpha‑1,6‑glucohydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (68/86); new base C (4/8); total (72/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.32e-01 |
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
CGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCATATCGATTTAGCCAA > NC_000913/3569288‑3569586 | cgcgcCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGt > 2:1595002/1‑150 (MQ=255) gcgcCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTg < 1:414684/150‑1 (MQ=255) gcgcCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTg < 2:626258/150‑1 (MQ=255) ccAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCa > 1:516939/1‑150 (MQ=255) ccAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCa > 2:252193/1‑150 (MQ=255) cAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCAc > 2:1012079/1‑150 (MQ=255) aaCATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACt > 2:446007/1‑150 (MQ=255) cATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTcc < 1:278099/150‑1 (MQ=255) 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aaTGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGAGCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCa < 1:1753184/150‑1 (MQ=255) ggggAGTGGCACGCCATTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGACACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCatata > 2:1068243/1‑149 (MQ=255) ggggAATGGCGTGCCACTCCCCAGCACGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGAGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATATGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCATATc > 2:2133368/1‑150 (MQ=255) ggAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCATATCGa > 1:2196418/1‑150 (MQ=255) ggAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCATATCGa > 1:361311/1‑150 (MQ=255) aaTGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCATATCGAtt < 2:957852/150‑1 (MQ=255) aTGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCATATCGAttt > 1:681196/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCATATCGATTTa > 2:1114014/1‑150 (MQ=255) gCGTGCCACTCACCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTT‑AGCATATCGATTTAGcc < 1:1049027/150‑1 (MQ=255) cGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTTCTTAAAGGTTGAGCATATCGATTTAGcc < 2:850981/150‑1 (MQ=255) cGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCATATCGATTTAGcc < 2:1752699/150‑1 (MQ=255) tGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCATATCGATTTAGCCaa < 1:496777/150‑1 (MQ=255) | CGCGCCAACATTAAGTGATCGTTCTTCTCTAAACTAACCATGACTAACTCCTTTTTTATCATCTCTGGAACACACACAATCCGTGTGCAGGTCCCTGCCAGACAGCCGTAATCACTGGGTTATCCTCTCCAGCGAATGGGGGAATGGCGTGCCACTCCCCAGCAGGTAAAACAATCTCTGTTACCTCAAGCGTGGCGTTAATTGCGATCAAAAAGCGATCCGAGAGCAGAATTTGCAGCTGTTTCGGCCCGTTTTGCCACTCATCCGTGCTTAAAGGTTGAGCATATCGATTTAGCCAA > NC_000913/3569288‑3569586 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |