Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,577,660 | C→T | 10.3% | intergenic (‑68/+71) | gntK ← / ← gntR | D‑gluconate kinase, thermostable/DNA‑binding transcriptional repressor GntR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,577,660 | 0 | C | T | 10.3% | 468.7 / 29.2 | 165 | intergenic (‑68/+71) | gntK/gntR | D‑gluconate kinase, thermostable/DNA‑binding transcriptional repressor GntR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (80/66); new base T (7/10); total (89/76) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
CACTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGACAATATCAGAAGCAATATCCATCCATGCCTTAAGTGTATAAGTGTGAGCTACTTCAAATTTGTGGGCTTAAATAGATCCGCCCGGTGACAAGGTGAAACCTAAATCTAACATTTTCGGTGTCACAGATTCGCCACGAATACGCGCC > NC_000913/3577514‑3577809 | cACTGGCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAATGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGa > 2:1153560/1‑150 (MQ=255) ggCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCTTGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGACAat > 1:1888512/1‑150 (MQ=255) ggCGACCGCAGATTTGCCGCTGCCCGATACGCCCATCAAGACGTAAATGTGGTGATCATGGTTAGTCGTGCTCAAAGTGGTGCCCCCACAATACAAGAATTAAAAATGTTACGGGTAACTGTTATCGGTAACATTGTCCAGCCGGACAat > 2:2316036/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |