| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,729,405 | 0 | C | G | 9.1% | 592.9 / 40.1 | 186 | intergenic (‑34/+38) | xylB/xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (88/81); new base G (6/11); total (94/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.09e-01 | |||||||||||
Only 100 of 187 total aligned reads displayed.
AGTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCC‑GG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAG > NC_000913/3729256‑3729553 | gTGGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCC‑GG‑TATCGCt > 2:1396815/1‑150 (MQ=255) ggATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCT‑GG‑TATCGCTAc > 2:1302238/1‑150 (MQ=255) ggATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCC‑GG‑TATCGCTAc > 1:394294/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |