Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 3,729,408 | C→G | 9.2% | intergenic (‑37/+35) | xylB ← / ← xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,729,408 | 0 | C | G | 9.2% | 575.3 / 37.6 | 182 | intergenic (‑37/+35) | xylB/xylA | xylulokinase/xylose isomerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (84/81); new base G (5/12); total (89/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.26e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 |
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
GGATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCC‑GG‑TATCGCTACCGATAACCGGGCCAACGGACTGCACAGTTAGCCGTTATTTGTCGAACAGATAATGGTTTACCAGATTTTCCAGTTGTTCCTGGCGACCACTCTGATGCACCGGAGACAAATGATGTTCCTGAGCATATTTGGCTAAATCTGCCAGTG > NC_000913/3729259‑3729555 | gATGCGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCC‑GG‑TATCGCTAcc < 1:1899010/150‑1 (MQ=255) cGGGCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCC‑GG‑TATCGCTACCGATa > 1:1082005/1‑150 (MQ=255) gggCGCGAAACGGTCAGCTTTTCCGTTTGCGCAGCAACCACCTCACCCTGCTCGTTGAGCAAAATAACTTTTACGCCCGAGGTGCCAAGATCTATCCCGATATACATATCGATCGTTCCTTAAAAAAATGCCC‑GG‑TATCGCTACCGATaa > 2:427114/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |