Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,736,325 | A→C | 6.3% | intergenic (+168/+28) | xylR → / ← bax | DNA‑binding transcriptional dual regulator XylR/putative glycoside hydrolase Bax |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,736,325 | 0 | A | C | 6.3% | 514.1 / 21.0 | 171 | intergenic (+168/+28) | xylR/bax | DNA‑binding transcriptional dual regulator XylR/putative glycoside hydrolase Bax |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (86/74); new base C (3/8); total (89/82) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.21e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
GCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTATCCTGGTACATTGCGAACAGGTAGTTGTTATAACTCTTCCCTTTGGTCGAGTAGCCCTTCAGCTTGTGAATCATCGCTGTGGCAGTCACTT > NC_000913/3736176‑3736474 | gCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACa < 2:2331743/150‑1 (MQ=255) gTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAg > 2:717277/1‑150 (MQ=255) tCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGGCAAGt > 1:1493193/1‑150 (MQ=255) aTCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCggt > 1:2213892/1‑149 (MQ=255) aTCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGa < 1:926130/150‑1 (MQ=255) aTCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGGCGGa > 1:2271013/1‑150 (MQ=255) tCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTTGTCAGTCGGAt < 2:695730/150‑1 (MQ=255) cAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTTGTCAGTCGGATa < 2:473999/150‑1 (MQ=255) ggTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCGTGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTTGTCAGTCGGATAAg < 1:1445575/150‑1 (MQ=39) ggTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAg < 2:2332912/150‑1 (MQ=255) ggTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAg > 1:892823/1‑150 (MQ=255) gTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTTGTCAGTCGGATAAgg < 2:1238630/150‑1 (MQ=255) gTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTTGTCAGTCGGATAAgg < 1:109372/150‑1 (MQ=255) tAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTTGTCAGTCGGATAAGGc < 1:1034251/150‑1 (MQ=255) cGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCa < 1:991486/150‑1 (MQ=255) cTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAg < 1:2169592/150‑1 (MQ=255) tGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAgg > 2:1703095/1‑150 (MQ=255) tGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAgg < 2:669323/150‑1 (MQ=255) tGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAgg < 1:1972966/150‑1 (MQ=255) gCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGa < 2:1095177/150‑1 (MQ=255) tGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCaa < 2:397960/150‑1 (MQ=255) tGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCaa > 1:742455/1‑150 (MQ=255) ggTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCaa > 2:235087/2‑150 (MQ=255) gTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAAt > 2:351420/1‑150 (MQ=255) ggATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTAc < 2:1505837/150‑1 (MQ=255) gataaggcgTTCACGCCGCATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACa > 1:664527/6‑150 (MQ=255) cggcgTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATg < 1:2122999/150‑1 (MQ=255) cggcgTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATg > 1:1894695/1‑150 (MQ=255) ggcgTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATgc < 1:766261/150‑1 (MQ=255) ggcgTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATgc > 2:1588848/1‑150 (MQ=255) tGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTACAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGcgccg > 2:626186/1‑150 (MQ=255) aaCGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCcgcg < 2:1183420/150‑1 (MQ=255) cGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAACCGCACCCACCACGCTTCCGGCGCGGAGCTCACCTGCCTGCGACACAGGAAAACGCCTTATCCGCCTGACCAGTCGGAGAAGGCTCGAGGATATGCAGTTGCATAGGCGCcgcggt > 2:1128449/1‑148 (MQ=255) 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gACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTgg < 2:1732459/150‑1 (MQ=255) gACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTgg < 1:2070604/150‑1 (MQ=255) cTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTa > 1:2473860/1‑150 (MQ=255) tACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTAt > 1:154476/1‑150 (MQ=255) tACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGCTCGTAGCTCAACTGCCTGAGACAAAGTAAAAAGCCTTATCCGACTGACAAGTCGGATAAGGCTCAAGGAAATGCAATTACATATGCGCCGCGATTAACCGTTGGTTAt < 1:2263759/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |