| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,885,305 | G→T | 5.9% | G77V (GGT→GTT) | yidC → | membrane protein insertase YidC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,885,305 | 0 | G | T | 5.9% | 479.2 / 11.5 | 141 | G77V (GGT→GTT) | yidC | membrane protein insertase YidC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/74); new base T (6/3); total (64/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 149 total aligned reads displayed.
AAACCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCGGCTAACGGC > NC_000913/3885156‑3885453 | aaaCCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACTAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCgtggtgg < 2:2164161/150‑1 (MQ=255) cccGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGa < 1:428231/150‑1 (MQ=255) cccGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGa > 1:1494176/1‑150 (MQ=255) cGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATg < 1:19119/150‑1 (MQ=255) cGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATg < 2:706614/150‑1 (MQ=255) gCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGt < 1:72648/150‑1 (MQ=255) aCCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGAGCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGa < 2:1784268/150‑1 (MQ=255) cTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGc > 2:95324/1‑150 (MQ=255) 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cAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTctg > 2:1400148/1‑150 (MQ=255) aaCAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTctgc > 1:1984759/1‑150 (MQ=255) aCCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGctgcct < 1:583039/150‑1 (MQ=255) ccccGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACAAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGctgcctg > 2:1771806/4‑150 (MQ=255) ccACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGctgcctg < 2:845818/150‑1 (MQ=255) 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ctcaacATCACCACCACGGGTGTTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGc > 2:1954875/6‑150 (MQ=255) ctcaacATCACCACCACGGGTGTTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGc > 1:1677993/6‑150 (MQ=255) ctcaacATCACCACCACGGGTGTTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGc > 2:10977/6‑150 (MQ=255) gACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGccc > 1:2480526/1‑150 (MQ=255) gACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGccc > 1:554764/1‑150 (MQ=255) caacATCACCACCACGGGTGTTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGccc > 1:1864542/4‑150 (MQ=255) aTCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGAt < 1:1771806/150‑1 (MQ=255) tCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATa < 1:1917912/150‑1 (MQ=255) tCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGATCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATa > 2:565346/1‑150 (MQ=255) acacCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAAcc < 1:1453279/150‑1 (MQ=255) cccGTGGAGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCgg > 2:2220819/1‑150 (MQ=255) ccGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCGGc < 2:1759942/150‑1 (MQ=255) ccGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCGGc < 1:1400148/150‑1 (MQ=255) tggtggtgATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCGGCTaa > 2:929211/1‑150 (MQ=255) tggtgATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCGGCTAACgg < 2:1261869/150‑1 (MQ=255) gtgATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCGGCTa < 2:2129648/144‑1 (MQ=255) | AAACCCGCAACCTCAGGCCCAACAGACCACGCAGACAACGACCACCGCAGCGGGTAGCGCCGCCGACCAGGGCGTACCGGCCAGTGGCCAGGGGAAACTGATCTCGGTTAAGACCGACGTGCTTGATCTGACCATCAACACCCGTGGTGGTGATGTTGAGCAAGCTCTGCTGCCTGCTTACCCGAAAGAGCTGAACTCTACCCAGCCGTTCCAGCTGTTGGAAACTTCACCGCAGTTTATTTATCAGGCACAGAGCGGTCTGACCGGTCGTGATGGCCCGGATAACCCGGCTAACGGC > NC_000913/3885156‑3885453 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |