| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,897,615 | T→C | 5.4% | L37P (CTG→CCG) ‡ | cbrB → | putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,897,615 | 0 | T | C | 5.4% | 523.9 / 12.6 | 167 | L37P (CTG→CCG) ‡ | cbrB | putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (85/73); new base C (3/6); total (88/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
TTAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACCGCTGGTTCTTTGGGTGATAATACATCCAATTTTTCTCTTATTGTCGATAACTACGGGAGCTATTCCTGCGTTGTTAACCGGTGTAATGGTTGCCTGTCTGCCGGAAAAGATCGGGTCACAGAAACGTTATCGTTGTCTGGCTGGTGGCATA > NC_000913/3897468‑3897763 | ttAAATTGGCGCTCAAAGGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACCGCTgg < 2:1955146/150‑1 (MQ=255) ggcTCAAAGGTTAGTAAAGGGAGTTTGATATGTCTGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGGACCGTTAATTGGTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTCGCAAAAGAACCAGCGGTTCttttgc < 2:2448754/149‑4 (MQ=255) ctcTCAAATGTAAGTAAAGGGAGTTTGATATTACAGTTTCACGTCGGGTAATACATCACGGACTTTATTTTGCAGTTTTAGTACCGTTAATTGTTGTTCTGTTTCTTGTCCTCTACATATTCTTATCAAAAGAACCATCGGTTCttttgc < 2:1890140/148‑4 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |