| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 394,632 | G→A | 6.0% | D43N (GAT→AAT) ‡ | iprA → | putative DNA‑binding transcriptional regulator IprA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 394,632 | 0 | G | A | 6.0% | 520.0 / 13.1 | 165 | D43N (GAT→AAT) ‡ | iprA | putative DNA‑binding transcriptional regulator IprA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (83/72); new base A (4/6); total (87/78) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
GCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGAAGGAAAT > NC_000913/394483‑394778 | gCATTACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAg > 1:1637360/1‑150 (MQ=255) aatGCAAAGCACGCGAAAATCTAATCTGTAGTTAAACCTCTACAGGAATATGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACCGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCAAGTGATGTCAATAAATAAGATACt > 2:9364/3‑150 (MQ=255) tGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACttt < 2:935669/150‑1 (MQ=255) gCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTc > 1:1237996/1‑150 (MQ=255) cAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCg > 2:92248/1‑150 (MQ=255) aaaGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGt > 2:1063708/1‑150 (MQ=255) ggACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTAt > 1:210690/1‑150 (MQ=255) cgcAAATGTTATGTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATCTTTGTCCACATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATTAAAATCAAGTTATATTTTCCTGTGATGTCAATAACGAAAGTATCTTCGTTAttgaca < 2:1787889/150‑5 (MQ=255) cgcAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTag < 2:1156961/150‑1 (MQ=255) cgcAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAAGTATCTTCGTTAttgaca < 1:2374030/150‑5 (MQ=255) cAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAAGTATCTTCGTTAttgacatc < 1:1530091/150‑7 (MQ=255) cAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAAGTATCTTCGTTAttgacatc < 1:1539022/150‑7 (MQ=255) gTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGt > 2:2028181/1‑150 (MQ=255) 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aTAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTa > 2:102055/1‑150 (MQ=255) tGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAg > 2:564011/1‑150 (MQ=255) tGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAg > 2:2394414/1‑150 (MQ=255) tGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATAGGTATTACCCAg > 1:1067493/1‑150 (MQ=255) ttttGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAgg < 1:633345/149‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |