| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 394,636 | C→T | 5.9% | T44I (ACT→ATT) ‡ | iprA → | putative DNA‑binding transcriptional regulator IprA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 394,636 | 0 | C | T | 5.9% | 519.9 / 12.7 | 167 | T44I (ACT→ATT) ‡ | iprA | putative DNA‑binding transcriptional regulator IprA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/73); new base T (4/6); total (87/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
ACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGAAGGAAATTGTACG > NC_000913/394488‑394784 | aatGCAAAGCACGCGAAAATCTAATCTGTAGTTAAACCTCTACAGGAATATGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACCGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCAAGTGATGTCAATAAATAAGATACt > 2:9364/3‑150 (MQ=255) cTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACtt > 1:23286/1‑150 (MQ=255) tGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACttt < 2:935669/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |