Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 394,637 | T→C | 6.1% | T44T (ACT→ACC) ‡ | iprA → | putative DNA‑binding transcriptional regulator IprA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 394,637 | 0 | T | C | 6.1% | 499.8 / 15.5 | 164 | T44T (ACT→ACC) ‡ | iprA | putative DNA‑binding transcriptional regulator IprA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (81/73); new base C (4/6); total (85/79) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.24e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.82e-01 |
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
ACTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTAGAGGGAGTTATCTCTCTGCGTAGAGAAGAAAACGTACTTATCGGTATTACCCAGGCTCCTTATATTATGGGGCTGGCTGATGGTTTAATGAAAAACGATATACCATACAAATTAATATCAGAAGGAAATTGTACG > NC_000913/394488‑394784 | aatGCAAAGCACGCGAAAATCTAATCTGTAGTTAAACCTCTACAGGAATATGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACCGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCAAGTGATGTCAATAAATAAGATACt > 2:9364/3‑150 (MQ=255) cTGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACtt > 1:23286/1‑150 (MQ=255) tGCAAAGGACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACttt < 2:935669/150‑1 (MQ=255) 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ggACGCGCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTAt > 1:210690/1‑150 (MQ=255) cgcgCAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTAtttt < 2:1838503/150‑1 (MQ=255) cgcAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTag < 2:1156961/150‑1 (MQ=255) gcAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAGATACTTTCGTTATTTTaga > 2:423093/1‑150 (MQ=255) cAAATGTTATCTGTAGTTAAACCTCTTCAGGAATTTGGTAAGCTCGATAAATGTTTGTCCAGATACGGTACGCGCTTCGAGTTTAATAATGAAAAGCAAGTTATATTTTCCAGTGATGTCAATAACGAAAGTATCTTCGTTAttgacatc < 1:1530091/150‑7 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |