| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 4,141,379 | G→C | 6.3% | L281L (CTC→CTG) ‡ | ptsA ← | putative PTS multiphosphoryl transfer protein PtsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,141,379 | 0 | G | C | 6.3% | 594.9 / 21.9 | 174 | L281L (CTC→CTG) ‡ | ptsA | putative PTS multiphosphoryl transfer protein PtsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (80/83); new base C (9/2); total (89/85) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.79e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TAAATCGTTTGTTGCTGCCACGGAGTAAGGGCATCAATATCCACACCAACCAGCGTTGGAATGTTGAACGAACGGGCAAGGATCACCGTATGTGAGGTGGTGCCGCCGCTTTTGAGCAACAATCCTTTGAGGTGATTTTTATCCAGTTCGAGGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCACGTTCTTGCAGGTAGCT > NC_000913/4141230‑4141528 | taAATCGTTTGTTGCTGCCACGGAGTAAGGGCATCAATATCCACACCAACCAGCGTTGGAATGTTGAACGAACGGGCAAGGATCACCGTATGTGAGGTGGTGCCGCCGCTTTTGAGCAACAATCCTTTGAGGTGATTTTTATCCAGTTCg > 2:1612044/1‑150 (MQ=255) aaTCGTTTGTTGCTGCCACGGAGTAAGGGCATCAATATCCACACCAACCAGCGTTGGAATGTTGAACGAACGGGCAAGGATCACCGTATGTGAGGTGGTGCCGCCGCTTTTGAGCAACAATCCTTTGAGGTGATTTTTATCCAGTTCGAg > 1:1870265/1‑150 (MQ=255) aaTCGTTTGTTGCTGCCACGGAGTAAGGGCATCAATATCCACACCAACCAGCGTTGGAATGTTGAACGAACGGGCAAGGATCACCGTATGTGAGGTGGTGCCGCCGCTTTTGAGCAACAATCCTTTGAGGTGATTTTTATCCAGTTCGAg < 1:2359031/150‑1 (MQ=255) 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aTCCTTTGAGGTGATTTTTATCCAGTTCGAGGAACTTGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTa < 1:1398718/150‑1 (MQ=255) tttGAGGTGATTTTTATCCAGTTCGAGGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTc < 2:2359372/150‑1 (MQ=255) gTGATTTTTATCCAGTTCGAGGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGc > 1:1482861/1‑150 (MQ=255) tGATTTTTATCCAGTTCGAGGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCa > 1:1629419/1‑150 (MQ=255) aTTTTTATCCAGTTCGAGGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCACg > 2:24777/1‑150 (MQ=255) cccccagccAGTTCCTCGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCACGt > 1:1562007/8‑150 (MQ=255) ccagccAGTTCCTCGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCGCGTTCt > 1:1381994/5‑150 (MQ=255) ccagccAGTTCCTCGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCACGTTCt > 2:2184892/5‑150 (MQ=255) tATCCAGTTCGAGGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCACGTTCtt > 2:2299714/1‑150 (MQ=255) agccAGTTCCTCGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGACTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCACGTTCTTg > 2:2029313/3‑150 (MQ=255) ccAGTTCGAGGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCACGTTCTTGCa < 1:368694/150‑1 (MQ=255) cAGTTCGAGGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCACGTTCTTGCAg < 1:1918776/150‑1 (MQ=255) | TAAATCGTTTGTTGCTGCCACGGAGTAAGGGCATCAATATCCACACCAACCAGCGTTGGAATGTTGAACGAACGGGCAAGGATCACCGTATGTGAGGTGGTGCCGCCGCTTTTGAGCAACAATCCTTTGAGGTGATTTTTATCCAGTTCGAGGAACTGGCTGGGGGTCAGTTCATCAGCCATACAAATGGCGGGCTGCGTCAGTTTGCCCGGTGCCGGGAAGCGTTGCTCACCGTAGATTTGCTGGAGTAACTGGAAGCAGACGTCGCGTACGTCCAGGGCACGTTCTTGCAGGTAGCT > NC_000913/4141230‑4141528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |