| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,261,359 | 0 | T | A | 8.9% | 504.8 / 29.6 | 168 | intergenic (+53/‑310) | yjbM/dusA | uncharacterized protein YjbM/tRNA‑dihydrouridine synthase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (71/82); new base A (5/10); total (76/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.68e-01 | |||||||||||
Only 100 of 172 total aligned reads displayed.
AAGTCGTTTGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAATATTTATTGGGTTCTTTTTTCTCTATCAATACTATTAGCAGGGAGATATATCACCAGAGTTTAATGTGTGATTTTTTATTTATCGTCGAACCTGGATTGTTTATCATTGGCCTTAACAAAGTTAACGGCTAATAAGATTATTTCCATCAC > NC_000913/4261211‑4261505 | tCGTTTTACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGTGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAAtatttatt < 2:450028/150‑1 (MQ=255) tGACTCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGATACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTTTATAAAAGGACCCAATAAATATTGGGtc < 2:1048912/150‑2 (MQ=255) tGACCCAACCTCAAAGGAAGAGATTAAAATACTTACAGACACTTCTAAATTAATTTATGATTTGTTCGGGGTTAAATCGGAGAAATAATATGTGAAGTTCTTCGATAGTATGGAAGGCATTATATAAAAGGACCCAATAAATATTGGGtc < 1:2373564/150‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |