Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,270,144 | G→C | 5.3% | intergenic (+17/‑94) | aphA → / → yjbQ | acid phosphatase/phosphotransferase/UPF0047 protein YjbQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,270,144 | 0 | G | C | 5.3% | 486.2 / 11.6 | 142 | intergenic (+17/‑94) | aphA/yjbQ | acid phosphatase/phosphotransferase/UPF0047 protein YjbQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/72); new base C (3/5); total (65/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
AATGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTCATCTGGT > NC_000913/4269996‑4270293 | aaTGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAGATCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGa > 2:853368/1‑150 (MQ=255) aaTGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGa < 1:2062532/150‑1 (MQ=255) aaTGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGa > 2:2335178/1‑150 (MQ=255) 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gagCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGt > 2:524027/1‑150 (MQ=255) gagCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGt < 1:972816/150‑1 (MQ=255) attcGGGAGAGCATCACGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGt > 2:352214/4‑150 (MQ=255) agCGGGAGAGCGTGATGATCTCAAAAATGCTTTTTTTTTAATCACAACTTTATCCTTTCGCTGTCTTGATACAAAATGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTg > 2:1006754/1‑150 (MQ=255) gCGGGAGAGCGTCATGATCTCCCAAATGCTATTTTTTTAATCAAACCTTTATACTTTCTCTGTATTAATAAAAAATGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTgg > 2:541028/1‑150 (MQ=255) gggAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGt > 1:2177863/1‑150 (MQ=255) ggAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGtt < 2:834981/150‑1 (MQ=255) gagaGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGttt < 1:2305258/150‑1 (MQ=255) agagCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTc < 2:695131/150‑1 (MQ=255) gagCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTCa > 1:196050/1‑150 (MQ=255) gCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTCATc < 1:1287047/150‑1 (MQ=255) gATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTCATCTGGt < 1:1918921/150‑1 (MQ=255) | AATGATATTACCGCCGCACGCGATGTCGGCGCTCGTGGTATCCGCATTCTGCGCGCCTCCAACTCTACCTACAAACCCTTGCCACAAGCGGGTGCGTTTGGTGAAGAGGTGATCGTCAATTCAGAATACTGACAGAGCGGGAGAGCGTGATGCTCTCCCGAATGCTGTTTTTTTAATCACACCTTTATCCTTTCGCTGTCTTGCTGCAAACTGATTAAGAGAGTTTTATCAAGGAGCAGCACATGTGGTATCAAAAGACGCTCACGCTTAGCGCCAAATCTCGTGGGTTTCATCTGGT > NC_000913/4269996‑4270293 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |