Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 4,326,892 | A→T | 5.3% | intergenic (‑158/‑243) | yjdM ← / → crfC | conserved protein YjdM/clamp‑binding sister replication fork colocalization protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,326,892 | 0 | A | T | 5.3% | 613.4 / 15.8 | 189 | intergenic (‑158/‑243) | yjdM/crfC | conserved protein YjdM/clamp‑binding sister replication fork colocalization protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (85/94); new base T (6/4); total (91/98) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 |
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CCTCAAAAGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCCTCTATTTATTATTTAAGATAATGTTAATGCTCTACTTGTTCTTTTTTTAATTCACATGATATTTTTATCTTTCTGACGTTTTAAACGTATCAGAAGACGTTATTTATTCTGATAAAAAACAACACACTAAATATAAAAT > NC_000913/4326743‑4327041 | ccTCAAAAGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAaataa > 2:311240/1‑150 (MQ=255) cTCAAAAGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGCCGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAaataat > 1:1702069/1‑150 (MQ=255) tCAAAAGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAaataata > 2:2447231/1‑149 (MQ=255) aaaaGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGTCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCtt > 2:634946/1‑150 (MQ=255) aaaaGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCtt > 2:973773/1‑150 (MQ=255) aaGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCtttt < 1:1538321/150‑1 (MQ=255) aGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCttttt < 2:289696/150‑1 (MQ=255) aGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCttttt > 2:252521/1‑150 (MQ=255) aGTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCttttt > 1:2147158/1‑150 (MQ=255) gTCAGCAGGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTg > 2:339872/1‑150 (MQ=255) cagcagGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGTGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGATTATTTTCTTTTTGcg < 2:363566/150‑2 (MQ=255) cagcagGGCAAAAGCGACAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGcc > 2:1958900/1‑150 (MQ=255) cagGGCAAAAGCGCCAAAAAACGGCAGATTGCCGAAAAAGGCCGCAATTATACACAAAATCCCTGAGTTTGTCGGGGGTACTGCTGATTTTAGACGACGATCGTTTTCATTTGAAAGGAAACGCAAAAAGAAAATAATCTTTTTGCctct > 1:893159/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |