| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,360,312 | 0 | A | T | 6.8% | 509.7 / 17.0 | 163 | intergenic (‑281/+84) | cadB/cadC | lysine:cadaverine antiporter/DNA‑binding transcriptional activator CadC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/69); new base T (4/8); total (86/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TTCTGTAAGTGAGAACTTGAGGTTTTTTATTAACACATCAGGATCGCAAGTTGATATCATGAAAAGATAAACATTTAATGTTTACAATGGATTGCGTGACATTCTCTGGTTAAATTTATGTAATAAAAATTATGCGGCAAATAAATTGCCGCAACATATTATACCAACAGGAACATACAAAAACTCAACAACAAATATTTCCGAGCATAAATCAACCCGGAGTTACTTATTCTGAAGCAAGAAATTTGTCGAGATAAGGTACAACATAAGGAACAGAAGTCTGGAATAT > NC_000913/4360170‑4360458 | ttCTGTAAGTGAGAACTTGAGGTTTTTTATTAACACATCAGGATCGCAAGTTGATATCATGAAAAGATAAACATTTAATGTTTACAATGGATTGCGTGACATTCTCTGGTTAAATTTATGTAATAAAAATTATGCGGCAAATAAATTGcc < 1:1636681/150‑1 (MQ=255) tCTGTAAGTGAGAACTTGAGGTTTTTTATTAACACATCAGGATCGCAAGTTGATATCATGAAAAGATAAACATTTAATGTTTACAATGGATTGCGTGACATTCTCTGGTTAAATTTATGTAATAAAAATTATGCGGCAAATAAATTGCCg < 1:643883/150‑1 (MQ=255) tGTAAGTGAGAACTTGAGGTTTTTTATTAACACATCAGGATCGCAAGTTGATATCATGAAAAGATAAACATTTAATGTTTACAATGGATTGCGTGACATTCTCTGGTTAAATTTATGTAATAAAAATTATGCGGCAATTTATTTGCCGCa < 1:105153/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |