Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,410,037 | T→C | 6.9% | intergenic (+31/‑96) | rlmB → / → yjfI | 23S rRNA 2'‑O‑ribose G2251 methyltransferase/conserved protein YjfI |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,410,037 | 0 | T | C | 6.9% | 568.2 / 22.2 | 188 | intergenic (+31/‑96) | rlmB/yjfI | 23S rRNA 2'‑O‑ribose G2251 methyltransferase/conserved protein YjfI |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (89/86); new base C (10/3); total (99/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.70e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 192 total aligned reads displayed.
GACTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATGG‑TTTTTTTTTGTCTATAGCTGGTAAGATAATTACGTATTGCAAATATTCATTTTATTAATATTTAAACTTAATCTATATGGAATAATATATGACATGGAATCCGTTGGCGCTAGCGACGGCGCTGCAAACTGTACCTGAA > NC_000913/4409889‑4410183 | gACTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGAttt < 1:153251/150‑1 (MQ=255) gACTCGTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGAttt > 2:1195900/1‑150 (MQ=255) gTGAACATTGCGATGAGTTGATCAGCATCCCGATGGCTGGAAGCGTTTCTTCCCTGAACGTTTCGGTTGCGACCGGAATTTGCTTATTTGAAGCGGTGCGCCAGCGCAGCTAATTTCTCAGAATTATGAAAAGCCATCCAGATTTGGATg < 2:797529/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |