| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,444,191 | G→T | 6.3% | G27V (GGC→GTC) ‡ | tamB → | translocation and assembly module subunit TamB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,444,191 | 0 | G | T | 6.3% | 501.1 / 8.4 | 150 | G27V (GGC→GTC) ‡ | tamB | translocation and assembly module subunit TamB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/72); new base T (3/8); total (70/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 154 total aligned reads displayed.
ATTTTGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAA > NC_000913/4444042‑4444338 | aTTTTGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTggg < 2:2207515/150‑1 (MQ=255)aTTTTGCCGTACCGGGCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTggg < 2:815629/150‑1 (MQ=255) tttGCCGTACGGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGca < 1:2374626/150‑1 (MQ=255) tGCCGTACCGGGCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGGTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGGTATCTTACTGTTGCGGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGcacc < 2:209832/150‑1 (MQ=255) gCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGcacca > 1:1240772/1‑150 (MQ=255) ccGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGcaccac > 1:495314/1‑150 (MQ=255) gTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGCAccacca > 2:1178559/1‑150 (MQ=255) gTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGCAccacca < 2:1188373/150‑1 (MQ=255) 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ggtggGCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCggg > 1:1778701/1‑150 (MQ=255) gtggGCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGc < 1:920787/150‑1 (MQ=255) | ATTTTGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAA > NC_000913/4444042‑4444338 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |