| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,444,193 | A→C | 7.6% | T28P (ACC→CCC) | tamB → | translocation and assembly module subunit TamB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,444,193 | 0 | A | C | 7.6% | 413.4 / 22.2 | 143 | T28P (ACC→CCC) | tamB | translocation and assembly module subunit TamB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/67); new base C (3/8); total (68/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.14e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
TTTGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATCTG > NC_000913/4444044‑4444342 | tttGCCGTACGGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGca < 1:2374626/150‑1 (MQ=255) tGCCGTACCGGGCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGGTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGGTATCTTACTGTTGCGGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGcacc < 2:209832/150‑1 (MQ=255) gCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGTAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGcacca < 2:1288265/150‑1 (MQ=255) 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accaccAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATCTg < 1:2429246/150‑1 (MQ=255) accaccAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATCTg < 1:2136907/150‑1 (MQ=255) | TTTGCCGTACCGGTCGCGGATAAAGACGAACACGGGTTACAGTTTTACATCGGTCTGGGGCCAGAATTATGAGTTTATGGAAAAAAATCAGCCTCGGCGTGGTTATCGTTATCTTACTGTTGCTGGGATCGGTGGCGTTTCTGGTGGGCACCACCAGCGGCCTGCATCTGGTATTTAAAGCGGCGGATCGCTGGGTGCCAGGACTGGATATTGGCAAGGTCACCGGCGGCTGGCGCGATCTCACCTTGTCTGACGTTCGTTATGAGCAGCCAGGCGTGGCGGTAAAAGCGGGCAATCTG > NC_000913/4444044‑4444342 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |