| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,517,557 | T→A | 6.0% | E54V (GAA→GTA) ‡ | fecR ← | regulator for fec operon, periplasmic |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,517,557 | 0 | T | A | 6.0% | 586.2 / 18.0 | 182 | E54V (GAA→GTA) ‡ | fecR | regulator for fec operon, periplasmic |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (84/87); new base A (4/7); total (88/94) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.39e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 191 total aligned reads displayed.
GTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATCGGTTAAC > NC_000913/4517410‑4517706 | tttCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCaa < 1:1219696/150‑1 (MQ=255) tttCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGCGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAACCTGGTTGCGCAGGTTTTCaa > 1:968742/1‑150 (MQ=255) ttCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAAc < 2:1280125/150‑1 (MQ=255) cGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTGATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGGCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTGAAAACctg < 2:1087790/150‑1 (MQ=255) cGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACctg < 2:2263769/150‑1 (MQ=255) cGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCAAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGAGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCACCGTCGCCAGCCACCCCGCCAAGCTGGTTGCGAAGGGTTTCAACctg > 1:170611/1‑150 (MQ=255) aCTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACctgct < 1:259430/150‑1 (MQ=255) aCTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACctgct < 2:1611525/150‑1 (MQ=255) aCTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTGAAAACctgcg < 2:1911912/150‑2 (MQ=255) cTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTGAAAACctgcgc < 2:133006/150‑3 (MQ=255) gCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGcc > 2:173515/1‑150 (MQ=255) gCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCAACCCGCCACGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGcc > 2:902936/1‑150 (MQ=255) ccAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTGAAAACctgcgcaac < 2:2419410/150‑6 (MQ=255) ccAGAGCTGCAAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTGAAAACctgcgcaac < 1:2437151/150‑6 (MQ=255) cAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAg > 1:978933/1‑150 (MQ=255) agagCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAgg > 2:266487/1‑150 (MQ=255) gagCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGc < 2:323983/150‑1 (MQ=255) tGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCAc > 1:1754606/1‑150 (MQ=255) 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cgcAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCGGCACGCAGCGCCTGACGGCGGGaa > 1:1050496/1‑150 (MQ=255) gcAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAAt > 1:411218/1‑150 (MQ=255) cAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATc > 2:807075/1‑150 (MQ=255) ttttCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATCGGtt > 1:683332/1‑150 (MQ=255) ttttCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATCGGtt > 2:537631/1‑150 (MQ=255) ttttCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATCGGtt < 1:1620712/150‑1 (MQ=255) tttCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATc > 1:1585221/1‑145 (MQ=255) tttCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATc < 2:1585221/145‑1 (MQ=255) tttCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATCGGTTa > 2:381210/1‑150 (MQ=255) ttCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATCGGTTaa < 2:1807857/150‑1 (MQ=255) tCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATCGGTTAAc < 2:2312971/150‑1 (MQ=255) tCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATCGGTTAAc < 1:474345/150‑1 (MQ=255) | GTTTCCGACTGCCAGAGCTGCCAGCCTCCGCCAGCGCCGAGCAACAGCAGTAATCCTTTCATCACGTGACGGCGGGTGAGGCGGGTATCGTGCAACGCCCGGCTGGCAACGTCGCCAGGCACACCGCCAAGCTGGTTGCGCAGGTTTTCAACCTGCTGCCAGGCCCACTGGTTATCCTGATCCTGTTCATACCACTGTTGCCAGCGCGCTTCCTGTTGTGGGCTGACGCGCTCGCCGCTTAGCACGGCATACCAGTGGGAAGCTGAACGCAGCGCCTGACGGCGGGAATCGGTTAAC > NC_000913/4517410‑4517706 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |