Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,544,603 | C→G | 6.0% | T100T (ACC→ACG) | fimC → | type 1 fimbriae periplasmic chaperone |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,544,603 | 0 | C | G | 6.0% | 468.6 / 13.0 | 144 | T100T (ACC→ACG) | fimC | type 1 fimbriae periplasmic chaperone |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (60/73); new base G (4/5); total (66/78) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 |
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
CAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTGGATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGAGAATACGCTACAGCTCGCAATTATCAGCCGCATTAAAC > NC_000913/4544454‑4544748 | cAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATAcc > 1:2091195/1‑150 (MQ=255) aaaaaCAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCt < 1:2362742/150‑1 (MQ=255) aaaaCAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCtt > 1:25015/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |