Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,554,517 | A→C | 6.4% | intergenic (+156/‑59) | uxuB → / → uxuR | D‑mannonate oxidoreductase/DNA‑binding transcriptional repressor UxuR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,554,517 | 0 | A | C | 6.4% | 532.8 / 24.0 | 184 | intergenic (+156/‑59) | uxuB/uxuR | D‑mannonate oxidoreductase/DNA‑binding transcriptional repressor UxuR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (79/93); new base C (5/7); total (84/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.10e-01 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
GATTACCCTACAGACTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCG > NC_000913/4554368‑4554666 | ttACCCTACAGACTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAgg < 1:1372852/150‑1 (MQ=255) ttACCCTACAGACTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCATAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAgg < 1:1086347/150‑1 (MQ=255) aCCCTACATACTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGTTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTAGGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCg < 2:671196/150‑1 (MQ=255) 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cTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTAGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccgc > 2:1009408/1‑150 (MQ=255) ttACTGGTCAATCAACCTGATATTTGGTGGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCa < 1:2416005/150‑1 (MQ=255) aCTGCTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATc < 1:1159807/150‑1 (MQ=255) cTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATcc > 1:2225952/1‑150 (MQ=255) ggTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCgg < 1:1385912/150‑1 (MQ=255) 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caatcaaACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGCAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGcct < 2:456494/150‑3 (MQ=255) aatcaaACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGccta < 1:815992/150‑4 (MQ=255) aaaCTGATATTTGGTTGCCCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGGGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAAtt > 1:835329/1‑150 (MQ=255) aaCTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTATGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTACCGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAAttt < 1:2326275/150‑1 (MQ=255) cTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGa < 2:1275320/150‑1 (MQ=255) cTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGa > 2:612581/1‑150 (MQ=255) cTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGa > 2:1033230/1‑150 (MQ=255) cTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGa > 2:603922/1‑150 (MQ=255) tGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGAt < 2:395077/150‑1 (MQ=255) tGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGAt < 2:720035/150‑1 (MQ=255) atatTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTa < 2:1548953/150‑1 (MQ=255) ttGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCg < 1:576052/150‑1 (MQ=255) gTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTTAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGTCGTTCACGTCGCATCCGGAAAAAATTTGTTTAAACTCAc < 2:2330261/150‑1 (MQ=255) tGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCt > 1:2021800/1‑150 (MQ=255) aCCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCAACTaa > 1:2277734/1‑150 (MQ=255) 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tttttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACacaaca < 1:1403784/150‑1 (MQ=255) tttttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACacaaca > 2:1131988/1‑150 (MQ=255) ttttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAacac < 1:2479495/150‑1 (MQ=255) ttttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAacac < 1:61852/150‑1 (MQ=255) ttttttGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAacac > 1:2139863/1‑150 (MQ=255) 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aGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCACCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTAc < 2:873004/150‑1 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGCTCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACa > 1:792503/1‑150 (MQ=255) ggCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACa > 2:925677/1‑150 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACaa > 2:1842882/1‑150 (MQ=255) gCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACaa > 1:1945523/1‑150 (MQ=255) gCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACaa < 1:1992911/150‑1 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACAATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAAt > 1:2201149/1‑150 (MQ=255) cGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATc < 2:2182168/150‑1 (MQ=255) ggATAAGGCGTGCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATcc < 2:1721685/150‑1 (MQ=255) gATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCt < 1:1699977/150‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGc < 1:2026277/150‑1 (MQ=255) | GATTACCCTACAGACTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCG > NC_000913/4554368‑4554666 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |