Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 4,554,530 | G→T | 6.0% | intergenic (+169/‑46) | uxuB → / → uxuR | D‑mannonate oxidoreductase/DNA‑binding transcriptional repressor UxuR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_000913 | 4,554,530 | 0 | G | T | 6.0% | 581.1 / 15.4 | 172 | intergenic (+169/‑46) | uxuB/uxuR | D‑mannonate oxidoreductase/DNA‑binding transcriptional repressor UxuR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (77/84); new base T (4/7); total (81/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.13e-01 |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
ACTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCGAACGGCTGCCGCC > NC_000913/4554381‑4554679 | aCTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccg < 2:1179249/150‑1 (MQ=255) aCTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccg < 1:2216294/150‑1 (MQ=255) aCTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccg < 2:1249610/150‑1 (MQ=255) aCTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccg < 2:1505371/150‑1 (MQ=255) aCTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccg < 2:1609818/150‑1 (MQ=255) cTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCAcgccgc > 1:1719933/1‑150 (MQ=255) ttACTGGTCAATCAACCTGATATTTGGTGGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCa < 1:2416005/150‑1 (MQ=255) aCTGCTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATc < 1:1159807/150‑1 (MQ=255) 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ccGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACAATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAAt > 1:2201149/1‑150 (MQ=255) ggATAAGGCGTGCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATcc < 2:1721685/150‑1 (MQ=255) aaGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGc < 1:2026277/150‑1 (MQ=255) aGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCg > 2:874829/1‑150 (MQ=255) cGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCGAAc > 2:774373/1‑150 (MQ=255) cGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGCGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCGAAc > 1:1191417/1‑150 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCGAACGGCTg < 1:1901583/150‑1 (MQ=255) aCGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCGAACGGCTg < 1:527475/150‑1 (MQ=255) cgccgcATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCGAACGGCTgc > 1:2457623/1‑150 (MQ=255) gccgcATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCGAACGGCTgcc > 2:1137694/1‑150 (MQ=255) gcATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCGAACGGCTgccgcc < 1:1457953/150‑1 (MQ=255) | ACTTACTGGTCAATCAAACTGATATTTGGTTGACCAGTTTTCGTTTTTTTGCCCACCTGTACGTGCCAACTTCCAGTGCTAATGGTATAGTTTGAGATTAACGGGGGCCGTAAAATTGCCCGTTGTAGGCCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGGCAAAAATTTGATTAACCGCACCTAACGGACACAACACCATGAAATCTGCCACCTCTGCGCAAAGACCTTACCAGGAAGTCGGGGCGATGATCCGCGATCTGATCATAAAGACGCCGTACAATCCTGGCGAACGGCTGCCGCC > NC_000913/4554381‑4554679 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |