Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 744,546 | C→G | 6.5% | L102V (CTT→GTT) | pxpC → | 5‑oxoprolinase component C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 744,546 | 0 | C | G | 6.5% | 516.9 / 19.5 | 153 | L102V (CTT→GTT) | pxpC | 5‑oxoprolinase component C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/71); new base G (4/6); total (76/77) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.39e-01 |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCC > NC_000913/744399‑744694 | cTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCtt > 1:479260/1‑150 (MQ=255) agaTCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAAc > 2:1213704/1‑150 (MQ=255) aCGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAAGCGTTAAACGctgg < 2:2417941/150‑4 (MQ=255) aCGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCg < 1:1096301/150‑1 (MQ=255) aCGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCg > 2:2264542/1‑150 (MQ=255) cGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAAGCGTTAAACGctggc < 1:411886/150‑5 (MQ=255) cGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGGGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGAATGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAAGCGTTAAACGctggc < 1:1261618/150‑5 (MQ=255) gCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAAGCGTTAAACGctggcc < 2:2113144/150‑6 (MQ=255) 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gCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTccc > 1:1191761/1‑150 (MQ=255) | CTGGAGATCACGCTCGGTCAGTTAACTGTTGAGTTCGAAACTGATGGGTGGTTTGCTCTGACGGGTGCCGGTTGCGAAGCGCGGCTGGATGATAATGCCGTCTGGACCGGCTGGCGATTGCCGATGAAAGCAGGCCAGCGTTTAACGCTTAAACGCCCGCAGCACGGGATGCGCAGTTATCTGGCGGTCGCGGGTGGTATTGATGTTCCGCCGGTAATGGGCTCATGCAGCACCGATCTCAAAGTGGGGATTGGCGGGCTGGAAGGCCGTTTACTGAAGGATGGTGACCGACTCCC > NC_000913/744399‑744694 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |