Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 749,644 | C→A | 5.0% | V22L (GTG→TTG) | ybgP ← | putative fimbrial chaperone YbgP |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 749,644 | 0 | C | A | 5.0% | 542.0 / 8.8 | 157 | V22L (GTG→TTG) | ybgP | putative fimbrial chaperone YbgP |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (71/78); new base A (6/2); total (77/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.89e-01 |
Only 100 of 159 total aligned reads displayed.
GACCAGAAGAGCATCGCTTTTCTCCCCTTTTTCATTTTCTATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTG > NC_000913/749498‑749793 | gACCAGAAGAGCATCGCTTTTCTCCCCTTTTTCATTTTCTATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCgc > 1:2367766/1‑150 (MQ=255) gACCAGAAGAGCATCGCTTTTCTCCCCTTTTTCATTTTCTATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCgc < 2:1865919/150‑1 (MQ=255) cAGAAGAGCATCGCTTTTCTCCCCTTTTTCATTTTCTATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCgcagc > 1:53416/1‑150 (MQ=255) 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tATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAggg < 1:310697/150‑1 (MQ=255) cAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAAt < 1:2265614/150‑1 (MQ=255) aaTAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCtt > 2:1769351/1‑150 (MQ=255) aaGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTtaa > 2:2356643/1‑150 (MQ=255) aGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTtaat < 2:988953/150‑1 (MQ=255) 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1:293153/1‑150 (MQ=255) cacaATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGt > 1:2031435/1‑150 (MQ=255) cacaATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGt < 1:914941/150‑1 (MQ=255) aaTGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCt < 2:613263/150‑1 (MQ=255) aTGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTg < 2:2031435/150‑1 (MQ=255) aTGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTg > 2:1839552/1‑150 (MQ=255) 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cGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGCCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaa > 2:1933576/1‑150 (MQ=255) cGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAAAATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaa > 2:1765514/1‑150 (MQ=255) agcttgggTTGCAATGCTGCGGTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaa > 1:1208343/6‑150 (MQ=255) gcttgggTTGCAATGCTGCGGTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaat > 2:304747/5‑150 (MQ=255) aTCGGGGTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGGCGTGGCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaata < 2:1644237/150‑1 (MQ=255) ggTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGc > 2:683301/1‑150 (MQ=255) ggTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGc < 2:1439209/150‑1 (MQ=255) ggTTGCAATGCTGCGGTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGc > 1:321485/1‑150 (MQ=255) gTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCa < 2:1253337/150‑1 (MQ=255) gTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCa > 1:2185463/1‑150 (MQ=255) tGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGc > 2:2010975/1‑150 (MQ=255) gCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAAAATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTATCTTTTCCTTAATTAATCACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGAAGTTCTGGCAGATGAATAATGAAGCt > 2:1243851/1‑150 (MQ=255) cACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGaataat < 1:955125/143‑1 (MQ=255) ccGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTg > 2:1101357/1‑150 (MQ=255) | GACCAGAAGAGCATCGCTTTTCTCCCCTTTTTCATTTTCTATCCAGGAATAAGCAAGATAAGGCAGTTTGTCACTTTGGTTTTCGATACGCAGGCTGGTGGCTTTGTCATTGGCGTTAAACACAATGCGTGTGCGATCGGGTTGCACCGCAGCATTGCAACCCAAGCTGATGGTTAACAACATTAAGGGTAATCCTTTAATAAATGTCATTCTCTTTTCCTTAATTAATGACAAGGTAAAATCAGGCGTTTGGTCGTGTCTTCCAGACGTTCTGGCAGATGAATAATGCAGCTTTG > NC_000913/749498‑749793 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |