| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 87,887 | C→T | 6.5% | intergenic (+39/‑141) | ilvH → / → cra | acetolactate synthase/acetohydroxybutanoate synthase, regulatory subunit/DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 87,887 | 0 | C | T | 6.5% | 525.7 / 15.7 | 169 | intergenic (+39/‑141) | ilvH/cra | acetolactate synthase/acetohydroxybutanoate synthase, regulatory subunit/DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (78/79); new base T (6/5); total (85/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.25e-01 | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
CGGTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAACTG > NC_000913/87740‑88036 | cGGTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGt < 2:2333021/150‑1 (MQ=255) gTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTGGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTCGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATCCGTTGAGATTGATCTCAATGCGCAATTTACAGCGCAACCTCTCACGTTg < 2:2281263/150‑1 (MQ=255) tAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTgg < 1:863800/150‑1 (MQ=255) 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aTGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCt‑ttttt < 2:87924/150‑1 (MQ=255) tGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCt‑tttttt > 1:1643309/1‑150 (MQ=255) tGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGGTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACGTGACATGTTGGGCtgtaaat < 2:1437863/150‑7 (MQ=255) gCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACGTGACATGTTGGGCtgtaaatt < 1:238172/150‑8 (MQ=255) gCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCT‑TTTTTTg < 1:1187981/150‑1 (MQ=255) 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tgtgGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGc > 1:2032304/1‑150 (MQ=255) ggTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGt > 2:1299903/1‑150 (MQ=255) tGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTaa > 1:918530/1‑150 (MQ=255) gctcgctcTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAAt > 1:1163065/1‑150 (MQ=255) ctcgctcTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAAtt > 1:169050/1‑150 (MQ=255) 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aaaaaaGCCCAACGTGACATGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCa > 2:1462076/6‑150 (MQ=255) aaaaGCCCAACGTGACATGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATTAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACg < 2:849707/143‑1 (MQ=255) aGCCCAACGTGACATGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAgggg > 1:2456754/1‑150 (MQ=255) gCCCAACGTGACATGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGc > 1:1320930/1‑150 (MQ=255) gCCCAACATGTCACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGc > 1:2135471/1‑150 (MQ=255) 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tCACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGaaa > 1:497327/1‑150 (MQ=255) tCACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGaaa < 2:829259/150‑1 (MQ=255) cACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAAc < 2:1314219/150‑1 (MQ=255) cACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAAc < 1:1869010/150‑1 (MQ=255) aCGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAACt > 1:288154/1‑150 (MQ=255) cGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAACTg < 1:816415/150‑1 (MQ=255) cGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAACTg < 1:1790692/150‑1 (MQ=255) | CGGTAAGCTTGATGCATTTTTAGCATCGATTCGCGATGTGGCGAAAATTGTGGAGGTTGCTCGCTCTGGTGTGGTCGGACTTTCGCGCGGCGATAAAATAATGCGTTGAGAATGATCTCAATGCGCAATTTACAGCCCAACATGTCACGTTGGGCT‑TTTTTTGCGAAATCAGTGGGAACCTGGAATAAAAGCAGTTGCCGCAGTTAATTTTCTGCGCTTAGATGTTAATGAATTTAACCCATACCAGTACAATGGCTATGGTTTTTACATTTTACGCAAGGGGCAATTGTGAAACTG > NC_000913/87740‑88036 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |