Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,070,880 | T→A | 5.7% | T26S (ACA→TCA) ‡ | rutE ← | putative malonic semialdehyde reductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,070,880 | 0 | T | A | 5.7% | 449.1 / 8.6 | 149 | T26S (ACA→TCA) ‡ | rutE | putative malonic semialdehyde reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (72/68); new base A (4/5); total (76/73) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
CAGATTGCCGCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGGGCGGCTTCACGGTGATGTAACAGGCTGGCAAGCCCGTTGAGTAACAGAGCATTAAAC > NC_000913/1070731‑1071028 | gCCGCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCg > 2:1482142/1‑150 (MQ=255) gCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCa > 1:1893845/1‑150 (MQ=255) gCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTCCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCa > 2:752281/1‑150 (MQ=255) 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< 2:1415605/131‑2 (MQ=255) cGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCg > 2:466919/1‑150 (MQ=255) cTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGa < 2:2417418/150‑1 (MQ=255) tttCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAGCAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAAc < 1:895037/150‑1 (MQ=255) tttCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAAc > 1:1623560/1‑150 (MQ=255) tttCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCCGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAAc < 2:515456/150‑1 (MQ=255) 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CAGATTGCCGCTGGAAAGTGCCGGGCGCAGACGTTCTTTTCCTTCTGCCGTGCGGGTAAACACGATCCGTGCCGGAGAACAGTTAGCTGATGTCGGCCCCCATTTCATCAGGGCATAAATCTCCCGTAACGTCTCATCGCTGACGGGTGTCTCCCGCCAGCCGTTGTGAGTGCGGGCATCGGTGAACAGGGTGCTAAGCGCACCTGGGCTAACGGCTTCGTTCATAGCAATTCCTTACAGGGCGGCTTCACGGTGATGTAACAGGCTGGCAAGCCCGTTGAGTAACAGAGCATTAAAC > NC_000913/1070731‑1071028 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |