| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,149,985 | A→C | 8.1% | A86A (GCA→GCC) | fabD → | [acyl‑carrier‑protein] S‑malonyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,149,985 | 0 | A | C | 8.1% | 459.7 / 27.5 | 158 | A86A (GCA→GCC) | fabD | [acyl‑carrier‑protein] S‑malonyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (82/62); new base C (6/7); total (88/70) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 163 total aligned reads displayed.
TCTGCGGCGCTGGGCTACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATGGCGGCAATCA > NC_000913/1149836‑1150133 | tCTGCGGCGCTGGGCTACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCa > 1:1578880/1‑150 (MQ=255) gcggcgCTGGGCTACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAatg < 1:806040/150‑1 (MQ=255) ggcgCTGGGCTACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCcatcat < 1:794370/150‑1 (MQ=255) cgcTGGGCTACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATgg > 2:1331523/1‑150 (MQ=255) gtGGGCTACGACCTGTGGCCGCTGACCCAGCACGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAACCCTGGCACACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGcc < 2:2304321/149‑1 (MQ=255) cTGGGCTACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGcc > 1:1328767/1‑150 (MQ=255) ggCTACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGt < 1:1159678/150‑1 (MQ=255) gCTACGCCCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTc > 1:2214412/1‑150 (MQ=255) gCTACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTc < 2:610104/150‑1 (MQ=255) gCTACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTc < 1:2459320/150‑1 (MQ=255) tACGACCTGTGGGCGCTGACCCATCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCCATCATTGCCGGtgct < 2:369365/150‑4 (MQ=255) tACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAatg < 2:469058/138‑1 (MQ=255) tACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAatg > 1:469058/1‑138 (MQ=255) tACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTcac > 2:2483857/1‑150 (MQ=255) aCGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCCATCATTGCCGGtgctt < 2:152879/150‑5 (MQ=255) cGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAg > 1:336746/1‑150 (MQ=255) aCCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGCCTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAAGGATGGCCGGTCCCAGcc > 2:2127302/1‑150 (MQ=255) aCCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCCATCATTGCCGGtgctttac < 2:968052/150‑8 (MQ=255) aCCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCCATCATTGCCGGtgctttac < 1:1031566/150‑8 (MQ=255) aCCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGcc > 1:2003789/1‑150 (MQ=255) aCCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGcc > 1:317341/1‑150 (MQ=255) ccTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCt > 1:2369564/1‑150 (MQ=255) gggCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTggggg < 2:1085397/150‑1 (MQ=255) gggCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTggggg < 2:1701854/150‑1 (MQ=255) cgcTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAAt < 2:52756/150‑1 (MQ=255) cccAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCcg > 1:97898/1‑150 (MQ=255) ccAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCcgc < 1:2376286/150‑1 (MQ=255) ccAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCcgc > 1:171886/1‑150 (MQ=255) agcagGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCgcgc < 2:1543927/150‑1 (MQ=255) agGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTgg < 1:1875093/150‑1 (MQ=255) agGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTgg < 1:1801952/150‑1 (MQ=255) gaagaaCTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGgt > 1:1769597/1‑150 (MQ=255) agaaCTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGgtgt > 1:2097115/1‑150 (MQ=255) aCTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGtgat > 2:635505/1‑150 (MQ=255) cTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGtgatt < 1:437226/150‑1 (MQ=255) aaTAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCTGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGtgattgat > 2:362376/1‑150 (MQ=255) aTAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTgattgatt > 2:1223418/1‑150 (MQ=255) tAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGAttt > 2:471583/1‑150 (MQ=255) 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tGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCa > 1:2242532/1‑133 (MQ=255) tGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCa < 2:2242532/133‑1 (MQ=255) ggCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCgg > 1:1264956/1‑150 (MQ=255) gcagcagcaGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGa > 2:1452254/1‑150 (MQ=255) cagcagcagGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGaa > 2:11006/1‑150 (MQ=255) 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gctgtgaCCGGCCATCATTGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTAt > 1:741064/7‑150 (MQ=255) ctgtgaCCGGCCATCATTGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATg > 1:1016290/6‑150 (MQ=255) ctgtgaCCGGCCATCATTGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATg > 1:2414259/6‑150 (MQ=255) aaaGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATg > 2:2434266/1‑150 (MQ=255) aaGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATgg < 2:227237/150‑1 (MQ=255) gtgaCCGGCCATCATTGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATggc > 2:779651/4‑150 (MQ=255) aGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATggc > 2:2385749/1‑150 (MQ=255) gCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATggcg > 1:265831/1‑150 (MQ=255) cGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGGTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATGGCGGCaa < 1:468977/150‑1 (MQ=255) ggCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATGGCGGCAat > 2:624191/1‑150 (MQ=255) cAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATGGCGGCAatca > 1:1552059/1‑150 (MQ=255) | TCTGCGGCGCTGGGCTACGACCTGTGGGCGCTGACCCAGCAGGGGCCAGCTGAAGAACTGAATAAAACCTGGCAAACTCAGCCTGCGCTGTTGACTGCATCTGTTGCGCTGTATCGCGTATGGCAGCAGCAGGGCGGTAAAGCACCGGCAATGATGGCCGGTCACAGCCTGGGGGAATACTCCGCGCTGGTTTGCGCTGGTGTGATTGATTTCGCTGATGCGGTGCGTCTGGTTGAGATGCGCGGCAAGTTCATGCAAGAAGCCGTACCGGAAGGCACGGGCGCTATGGCGGCAATCA > NC_000913/1149836‑1150133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |