| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,158,139 | A→T | 8.6% | K91* (AAA→TAA) ‡ | ptsG → | glucose‑specific PTS enzyme IIBC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,158,139 | 0 | A | T | 8.6% | 371.9 / 18.7 | 128 | K91* (AAA→TAA) ‡ | ptsG | glucose‑specific PTS enzyme IIBC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (59/57); new base T (7/4); total (67/61) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CGCCGTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCACTGGTACTGCATTTACCTGCTGAAGAAATCGCCTCTAAACACCTGGCGGATACTGGCGTACTCGGAGGGATTATCTCCGGTGCGATCGCAGCGTACATGTTTAACCGTTTCTACCGTATTAAG > NC_000913/1157991‑1158285 | cgccgTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTaa > 1:1012835/1‑150 (MQ=255)cgccgTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTaa < 1:410155/150‑1 (MQ=255) ccgTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTaaaa > 2:530200/1‑150 (MQ=255) cgTTGTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAAc < 1:1170508/150‑1 (MQ=255) gTATCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATg > 2:6472/1‑150 (MQ=255) aTCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGc < 2:1443994/150‑1 (MQ=255) aTCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGc > 2:359349/1‑150 (MQ=255) tCGCATGTTATGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTTTAACCATgatg < 1:2329294/150‑4 (MQ=255) 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tGTTATGGCAGAAGCAGGCGGCTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGt > 2:2349386/1‑150 (MQ=255) tGGCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTgcgc < 1:1871483/150‑1 (MQ=255) ggCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGTGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGcc > 2:1175152/1‑150 (MQ=255) ggCAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGcc > 1:2036049/1‑150 (MQ=255) cAGAAGCAGGCGGTTCCGTCTTTGCAAACATGCCACTGATTTTTGCGATCGGTGTCGCCCTCGGCTTTACCAATAACGATGGCGTATCCGCGCTGGCCGCAGTTGTTGCCTATGGCATCATGGTTAAAACCATGGCCGTGGTTGCGCCAc > 1:2224623/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |