Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,167,417 | 0 | A | T | 5.4% | 547.9 / 13.8 | 167 | intergenic (+28/‑182) | ndh/ycfJ | NADH:quinone oxidoreductase II/PF05433 family protein YcfJ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (80/78); new base T (3/6); total (83/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 |
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
TATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACGCCTCATCCGCCCTTGAGGAACAGCGCGATCGGCAGCCGCGTTGTATCAGGCATCCTTTCAGACTCCTCCGAATCCTTAAGTATTTCCAGCCATTCCCGCGCTTTTCATCTTCTGTCTGATAGCTGCTTTTCTCCTTCGCTTGCATG > NC_000913/1167271‑1167566 | tatataTCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACg > 2:266401/1‑150 (MQ=255) atatCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACGCCt > 2:2466927/1‑150 (MQ=255) tatCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCTACGTAAACTGGCGGATGTGGCATAAACGCCta > 1:219091/1‑149 (MQ=255) 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aaCGCCTCATCCGCCCTTGAGGAACAGCGCGATCGGCAGCCGCGTTGTATCAGGCATCCTTTCAGACTCCTCCGAATCCTTAAGTATTTCCAGCCATTCCCGCGCTTTTCATCTTCTGTCTGATAGCTGCTTTTCTCCTTCGCTTGCATg > 1:450677/1‑150 (MQ=255) | TATATATCTCGCTATACCGAATGCATCAGATTGCGCTGCATGGTTACTTTAAAACCGGATTAATGATGCTGGTGGGGAGTATTAACCGCGTTATCCGTCCGCGTTTGAAGTTGCATTAATCGACGTACACTGGCGGATGTGGCATAAACGCCTCATCCGCCCTTGAGGAACAGCGCGATCGGCAGCCGCGTTGTATCAGGCATCCTTTCAGACTCCTCCGAATCCTTAAGTATTTCCAGCCATTCCCGCGCTTTTCATCTTCTGTCTGATAGCTGCTTTTCTCCTTCGCTTGCATG > NC_000913/1167271‑1167566 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |