Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,181,760 | A→G | 6.1% | intergenic (‑35/+23) | ymfA ← / ← potD | putative inner membrane protein/spermidine preferential ABC transporter periplasmic binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,181,760 | 0 | A | G | 6.1% | 451.8 / 12.8 | 147 | intergenic (‑35/+23) | ymfA/potD | putative inner membrane protein/spermidine preferential ABC transporter periplasmic binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (72/66); new base G (4/5); total (76/71) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.39e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
GAATCGCGTCTTTGCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAACGTCCTGCTTTCAGCTTCTGATAATACTCTTCATAAATGCTGCTGGCTGCGCCAACGTCATTCTGCCATTCGCCATTTTTAATGGTTTCAGCATCCGGGTAGAGTGTTTTATCGTTCGCCA > NC_000913/1181611‑1181907 | gAATCGCGTCTTTGCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTa > 2:2202382/1‑150 (MQ=255) tCGCGTCTTTGCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAAtn < 1:709290/150‑2 (MQ=255) tCGCGTCTTTGCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATa < 1:1730304/150‑1 (MQ=255) gcgTCTTTGCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATacc > 2:394998/1‑150 (MQ=255) tttGCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCAccgc > 2:1441002/1‑150 (MQ=255) tGCTATAGGTGAACTGGTTATGAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCAccgccc < 2:199211/150‑1 (MQ=255) gCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTGGTATTAccgcccg < 1:822001/150‑1 (MQ=255) gCTATAGGTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTA‑CAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTGGTATTAccgcccgt < 2:679400/150‑2 (MQ=255) 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ggTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTGGTATTACCGCCCGtttttt < 2:1033574/150‑4 (MQ=255) ggTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCt > 2:868481/1‑150 (MQ=255) ggTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCt < 1:1657090/150‑1 (MQ=255) ggTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCt > 1:1354866/1‑150 (MQ=255) gTGAACTGGTTATAAAAGACAACAACAGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCAGCGCCCGCTTGCTg < 2:113689/150‑1 (MQ=255) 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caacaGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAACGTCCTGCTTTCAGCt > 1:1092078/1‑150 (MQ=255) acaGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCTAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCTGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAACGTCATGCTTTCAGCTTc < 1:2270978/150‑1 (MQ=255) caGAAATGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAACGTCCTGCTTTCAGCTTCt < 1:1693294/150‑1 (MQ=255) aaTGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAACGTCCTGCTTTCAGCTTCTGata > 2:189212/1‑150 (MQ=255) aaTGAGGATCAGTACCAGACCGATACCGAGGAATATACGAAAGAAAACTTTACTGTCCTGACTCATTAGCCACATCCTTGCTAACTAAAAAACGGGCGGTAATACCACCGCCCGCTTGCTGAATTAACGTCCTGCTTTCAGCTTCTGata > 2:2180487/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |