| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,196,408 | A→T | 7.1% | intergenic (+35/+459) | icd → / ← ymfD | isocitrate dehydrogenase/e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,196,408 | 0 | A | T | 7.1% | 525.7 / 16.9 | 166 | intergenic (+35/+459) | icd/ymfD | isocitrate dehydrogenase/e14 prophage; putative SAM‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (78/76); new base T (5/7); total (83/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 169 total aligned reads displayed.
ATGGAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCGTTGTTTTTTGTTAGGCTGCTAACGGTTATCAAAATTTTATCAAAAAAAGTTATCAAAACCCCTCGGTAGTTTTGGGGTAGGCTGGCCGGTCAGGTGGTAGTTCTACTACTAGTCTCCCACATAGATATTCCTTAGCTTTT > NC_000913/1196260‑1196557 | ggAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACg > 2:553935/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGCAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGAGGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACAGGTAATGCCGTAGTTTGTTAATTTTATTAACGGGAGCGTAACGc > 1:1433218/1‑150 (MQ=255) cgcAATCAACGCGAAAACCGTAACCTATGACTTCGAGCGTCTGATGGATGGCGCTAAACTGCTGAAATGTTCAGAGTTTGGTGACGCGATCATCGAAAACATGTAATGCCGTAGTTTGTTAAATTTATTAACGGGAGCGTAACGCTCCCg > 2:1680934/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |