| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,272,541 | G→T | 5.3% | C12F (TGT→TTT) ‡ | chaC → | glutathione‑specific gamma‑glutamylcyclotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,272,541 | 0 | G | T | 5.3% | 509.7 / 10.5 | 150 | C12F (TGT→TTT) ‡ | chaC | glutathione‑specific gamma‑glutamylcyclotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (82/60); new base T (4/4); total (86/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 153 total aligned reads displayed.
AAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCACTGG > NC_000913/1272393‑1272690 | aaGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGt < 2:1015928/150‑1 (MQ=255) ggTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTaaaa > 1:1744948/1‑150 (MQ=255) ggTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTaaaa > 1:1155114/1‑150 (MQ=255) 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ccaaaTGCCGTTTTACAATCGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTgg > 1:139396/4‑150 (MQ=255) atgaATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTgg < 1:814296/150‑1 (MQ=255) tgaATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGa > 1:1592277/1‑150 (MQ=255) aaaTGCCGTTTTACAATCGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGaa > 2:2062219/2‑150 (MQ=255) aaTGCCGTTTTACAATCGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGAc < 1:285355/112‑1 (MQ=255) cccGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGACGAATCACTCTTATGGGCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCGGGCGGCTACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGTTGTGGAGCTTCGTCTATGGATCGTTGATGTGTAATCCg < 2:412499/149‑1 (MQ=255) ccGATTGTAAAACGGCATTTGGAGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCATGTAGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTCGAATCCgg > 1:410502/1‑150 (MQ=255) cGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACATCGGGCGGCTTCGCTGGGGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGc < 1:1059391/150‑1 (MQ=255) cGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGc > 2:2379185/1‑150 (MQ=255) aTTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCAc < 1:1564083/150‑1 (MQ=255) tGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCACTg > 1:1152021/1‑150 (MQ=255) gTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTAGATATGGAATCAGGCACTgg > 2:1275861/1‑150 (MQ=255) | AAGTGGTCCGTGGATTGCATATTGTCCCGTTAGTGGTTTCAAAATGAGCAGTAAAAATGTCCGGAAGACACCAAAAAGTTGTCGCAGGGAAGTATGCAGTGGCGGAAGTGTAAGGTGATAACGCGTGATTTCTTGATGAATGCCGATTGTAAAACGGCATTTGGTGCCATTGAAGAATCACTCTTATGGTCAGCAGAACAACGGGCGGCTTCGCTGGCGGCGACGCTGGCTTGTCGACCTGATGAGGGACCGGTGTGGATCTTCGGCTATGGATCGTTGATGTGGAATCCGGCACTGG > NC_000913/1272393‑1272690 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |