Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,285,190 | T→A | 6.4% | L18I (TTA→ATA) | narJ → | nitrate reductase 1 molybdenum cofactor assembly chaperone |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,285,190 | 0 | T | A | 6.4% | 449.6 / 14.3 | 141 | L18I (TTA→ATA) | narJ | nitrate reductase 1 molybdenum cofactor assembly chaperone |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (78/54); new base A (5/4); total (83/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.04e-01 |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
TTTGGTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCG > NC_000913/1285041‑1285337 | tttGGTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCt < 1:2317730/150‑1 (MQ=255) ttGGTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCtt < 1:2063757/150‑1 (MQ=255) tGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATgg < 2:1611744/150‑1 (MQ=255) 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aaTATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGt < 1:583034/150‑1 (MQ=255) atatCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTa > 1:759326/1‑150 (MQ=255) tatCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTAc > 2:220661/1‑150 (MQ=255) tatCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTAc < 2:1183447/150‑1 (MQ=255) atCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACa < 1:564876/150‑1 (MQ=255) 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ctgcCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGt > 1:1719061/1‑150 (MQ=255) ctgcCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGt > 2:1243004/1‑150 (MQ=255) ctgcCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGt > 1:603215/1‑150 (MQ=255) tgcCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGtt > 1:1190826/1‑150 (MQ=255) gcCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTc > 1:364015/1‑150 (MQ=255) 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ccTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCg > 2:1444409/1‑150 (MQ=255) | TTTGGTGATGGCTGCCACGGTTCAGATACCAAATTCAATCTGTTCAACAGCCGTCGTATCGATGCCATCGATGTGACCAGCAAAACGGAGCCGCATCCATGATCGAACTCGTGATTGTATCGCGTCTCCTTGAATATCCGGATGCTGCCTTATGGCAGCATCAACAAGAGATGTTTGAGGCGATTGCCGCGTCGAAAAATCTGCCAAAAGAGGATGCCCATGCGC‑TGGGCATTTTCCTGCGCGATTTAACGACGATGGATCCGCTCGATGCCCAGGCGCAGTACAGCGAACTGTTCG > NC_000913/1285041‑1285337 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |