Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,376,954 | T→A | 5.5% | C41* (TGT→TGA) ‡ | ycjS → | putative oxidoreductase YcjS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,376,954 | 0 | T | A | 5.5% | 459.8 / 11.1 | 146 | C41* (TGT→TGA) ‡ | ycjS | putative oxidoreductase YcjS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (76/62); new base A (3/5); total (79/67) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.08e-01 |
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
TGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATACCCTGA > NC_000913/1376805‑1377102 | tGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGctgtctgt > 2:1404350/1‑150 (MQ=255) tGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGctgtctgt > 1:1793788/1‑150 (MQ=255) tGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGctgtctgt < 1:1606066/150‑1 (MQ=255) cGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAgc > 1:698864/1‑150 (MQ=255) ccTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCACAGACAgccacc < 1:659981/150‑1 (MQ=255) ccTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGCGGCTGTCACAGACAgccacc < 1:1929447/150‑1 (MQ=255) cTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTc < 1:913499/150‑1 (MQ=255) tAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTTCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTcc < 2:1403138/150‑1 (MQ=255) tAAGAGGTCTTTCTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCAGCGGGTCTCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGAAAAGGTACATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACCATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACACCCGCCTTTcc > 2:1425545/1‑150 (MQ=255) agagGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCca < 2:864673/150‑1 (MQ=255) agagGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCca < 1:1247247/150‑1 (MQ=255) gagGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCACGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTcaaag > 1:1727933/1‑146 (MQ=255) ggTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCcaggc > 1:748228/1‑150 (MQ=255) 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aaGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGGCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGc < 2:2141807/150‑1 (MQ=255) gTGCAATGACAAGCTCTCCTCTTCGGGTAGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATTAGGGTCATGCTTCGTAATACTTCCCCCTCAATGAGCTGGAAGTGGTGGCTCTCTGTTTCACCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAg < 2:1589899/150‑1 (MQ=255) gCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGCGGCTGTCACAGACAgccacc > 2:1140617/1‑124 (MQ=255) gCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGCGGCTGTCACAGACAgccacc < 1:1140617/124‑1 (MQ=255) tGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAAt > 1:821279/1‑150 (MQ=255) gACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACGGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATa > 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cGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCt > 1:561949/1‑150 (MQ=255) cAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCAcc > 1:486588/1‑147 (MQ=255) aaCGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGTACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAAc < 2:750382/150‑1 (MQ=255) aCGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCAGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAAcc > 1:1385524/1‑150 (MQ=255) cGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCg < 2:722430/150‑1 (MQ=255) aTCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGtt > 1:1376330/1‑150 (MQ=255) tGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCCGGCCATGCTGCTGGCGGGGAACCCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCCCCTACCCGTTTTc > 1:1512233/1‑150 (MQ=255) cTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTAc < 1:824029/150‑1 (MQ=255) ggtggCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGa < 2:2468935/150‑1 (MQ=255) ggcggCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGa > 1:709806/4‑150 (MQ=255) ggcggCTGTCACAGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCAt < 2:1781336/142‑1 (MQ=255) tggCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAAc < 2:821279/150‑1 (MQ=255) gCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGAGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGTGAATGCATCCCTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACaa > 2:922574/1‑149 (MQ=255) tgtctgtGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATAc > 2:2062950/1‑150 (MQ=255) gtctgtGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATAcc > 1:1237462/1‑150 (MQ=255) tctgtGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAGCATAccc > 1:648293/1‑150 (MQ=255) tctgtGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATAccc < 2:386536/150‑1 (MQ=255) tctgtGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATAccc < 1:1610195/150‑1 (MQ=255) tctgtGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATAccc < 2:893435/150‑1 (MQ=255) ctgtGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAGAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATACCCt > 2:678413/1‑150 (MQ=255) tgtgACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCCCCTAACCGTTTTCATTACGAACATACCCTg > 1:188446/1‑150 (MQ=255) | TGGTTGCGTACCTGCTAAGAGGTCTTTGTGAAAAGTGCAATGACAAGCTCTCCGCTGCGGGTCGCGATAATAGGCGCAGGCCAGGTGGCGGATAAGGTTCATGCTTCGTACTACTGCACCCGCAACGATCTGGAACTGGTGGCTGTCTGTGACAGCCGCCTTTCCCAGGCGCAGGCGCTGGCAGAAAAATACGGGAATGCATCCGTGTGGGACGATCCGCAGGCCATGCTGCTGGCGGTGAAACCTGATGTGGTTAGCGTCTGCTCACCTAACCGTTTTCATTACGAACATACCCTGA > NC_000913/1376805‑1377102 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |