| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,409,558 | G→T | 5.4% | T16T (ACG→ACT) | dbpA → | ATP‑dependent RNA helicase DbpA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,409,558 | 0 | G | T | 5.4% | 439.7 / 4.0 | 129 | T16T (ACG→ACT) | dbpA | ATP‑dependent RNA helicase DbpA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (66/55); new base T (4/4); total (70/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CCCACCACCCGATGAAGAACCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACGAACCTTAATGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTACAGCAAATTGA > NC_000913/1409409‑1409707 | cccACCACCCGATGAAGAACCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACg < 1:521193/150‑1 (MQ=255)cccACCACCCGATGAAGAACCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGAGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAAAAGATTGTGCCAGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCATCCCGCCCAACTCACg > 2:2293703/1‑150 (MQ=255) ccaccaCCCGATGAAGAACCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACGa > 1:1396795/1‑150 (MQ=255) caccacCCGATGAAGAACCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACGaa > 2:342245/1‑150 (MQ=255) accCGATGAAGAACCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACGAACCtt < 2:1547356/150‑1 (MQ=255) gATGAAGAACCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTTCGTCGATGACCAAGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACGAACCTTAATg < 1:2411881/150‑1 (MQ=255) gATGAAGAACCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACGAACCTTAATg < 1:1058820/150‑1 (MQ=255) aagaaCCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACGAACCTTAATGAGtt > 1:1155932/1‑150 (MQ=255) aaCCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTTCCTCCCGCCCAACTCACGAACCTTAATGAGTTggg < 2:1184343/150‑1 (MQ=255) ccGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGATAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTGATTAAGGTTCGTGAGTTgggcg < 2:538448/150‑3 (MQ=255) ccGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCGCGCCCAACTCATTAAGGTTCGTGAGTTgggcg < 2:1725527/150‑3 (MQ=255) gATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTACTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACGAACCTTAATGAGTTGGGTTAt > 2:1571313/1‑150 (MQ=255) aTTAAATTGTCGCATCATGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACGAACCTTAATGAGTTGGGTTAtt > 1:1756141/1‑150 (MQ=255) 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acccAACTCATTAAGGTTCGTGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTa > 1:335055/2‑150 (MQ=255) acccAACTCATTAAGGTTCGTGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTa > 1:1747501/2‑150 (MQ=255) acccAACTCATTAAGGTTCGTGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGACGGAAAAGATGTTCTCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTa > 1:1063411/2‑150 (MQ=255) ccAACTCACGAACCTTAATGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTGGTTACa < 2:659471/150‑1 (MQ=255) cAACTCACGAACCTTAATGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTACAg < 2:1942329/150‑1 (MQ=255) cAACTCACGAACCTTAATGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTACAg > 1:1960760/1‑150 (MQ=255) cACGAACCTTAATGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCtt > 2:1025707/1‑125 (MQ=255) cACGAACCTTAATGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCtt < 1:1025707/125‑1 (MQ=255) cACGAACCTTAATGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTACAGCAAAt > 2:1738598/1‑150 (MQ=255) cACGAACCTTAATGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTACAGCAAAt < 2:1015293/150‑1 (MQ=255) cACGAACCTTAATGAGGTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTACAGCAAAt < 1:1797636/150‑1 (MQ=255) cGAACCTTAATGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTACAGCAAATTg > 1:1013666/1‑150 (MQ=255) | CCCACCACCCGATGAAGAACCGATTAAATTGTCGCATCGTGAGCGTAGATCTGCGAGGATACGCGCCTGCTAACTTTGCGTCGATGACCACGAGAATAGATTGTGACCGCTTTTTCTACCCTGAATGTTTTGCCTCCCGCCCAACTCACGAACCTTAATGAGTTGGGTTATTTAACCATGACGCCGGTGCAGGCCGCCGCGCTTCCGGCGATCCTTGCCGGAAAAGATGTTCGCGTGCAGGCGAAAACCGGCAGCGGCAAAACGGCGGCTTTTGGCCTCGGCTTGTTACAGCAAATTGA > NC_000913/1409409‑1409707 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |