| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,413,031 | T→A | 6.9% | S69C (AGC→TGC) ‡ | intR ← | Rac prophage; putative integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,413,031 | 0 | T | A | 6.9% | 538.2 / 20.9 | 175 | S69C (AGC→TGC) ‡ | intR | Rac prophage; putative integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (82/81); new base A (3/9); total (85/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.16e-01 | |||||||||||
Only 100 of 175 total aligned reads displayed.
CAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATG > NC_000913/1412883‑1413179 | caAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTg > 2:2300975/1‑150 (MQ=255)caAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTg > 1:1383242/1‑150 (MQ=255)caAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCAGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTg > 1:2297146/1‑150 (MQ=255) aaaTTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTgg > 2:2454525/1‑150 (MQ=255) ttatttttCTGACTGTTTTTAATTGTGATTGCGTGTTCTTCTTTGTGTTTGGTGTTAACTCTGTCTCTTTTATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTATCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACt < 2:1293900/150‑1 (MQ=255) ttattattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACt > 2:1932406/1‑150 (MQ=255) attattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTATCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTgg > 2:325868/1‑150 (MQ=255) ttattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTggg < 1:1048767/150‑1 (MQ=255) tattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTgggg > 2:2184611/1‑150 (MQ=255) tattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTgggg < 2:2472535/150‑1 (MQ=255) attCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGa > 1:143881/1‑150 (MQ=255) attCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACCGGGGa > 1:1623511/1‑150 (MQ=255) ttCTGAGAGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCATCATTGTGTTAGTTGTTAACTATGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTATCCGAACGTTTTTAAGAATCTCGTTGTCAACATTTTTTCACCAGAGCTGGACTGGGGaa > 2:2294829/1‑150 (MQ=255) tCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTTCCCCAGTCCAGCACTGGGGcaa < 2:380363/150‑1 (MQ=255) tCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGcaa < 1:2303692/150‑1 (MQ=255) tCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGaaa < 2:171037/150‑1 (MQ=255) tCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTCCAGCACTGGGGcaa < 1:538025/150‑1 (MQ=255) cTGAGTGTTTTTAATTGGGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTCCAGCACTGGGGcaaa < 1:2135239/150‑1 (MQ=255) gAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACg > 2:601645/1‑150 (MQ=255) aGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGt < 2:430781/150‑1 (MQ=255) aGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTCCAGCACTGGGGcaaaaat < 2:2410051/150‑4 (MQ=255) gtgtTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTTCCCCAGTCCAGCACTGGGGcaaaaatg < 1:560470/150‑5 (MQ=255) gggtTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTc < 1:44359/148‑1 (MQ=255) gtTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCtt > 2:2190116/1‑150 (MQ=255) tgtgATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCa < 2:842403/150‑1 (MQ=255) tgATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCaaa < 1:352264/150‑1 (MQ=255) tgATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCaaa > 1:1737596/1‑150 (MQ=255) aTTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAAtt < 1:2255406/150‑1 (MQ=255) aTTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAAtt > 2:1471784/1‑150 (MQ=255) ttCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCa > 1:1767016/1‑150 (MQ=255) tCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCAc < 1:325868/150‑1 (MQ=255) gTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTAAAATACTCAAATTCACCg < 2:972645/150‑1 (MQ=255) ttttCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCgg < 2:719868/150‑1 (MQ=255) tgttcttcATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCgg < 1:1828561/148‑1 (MQ=255) tgtgTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACCGGGGAAGACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTc < 2:1623511/150‑1 (MQ=255) gtgtTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCa < 1:1479102/150‑1 (MQ=255) gtttgttGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATg < 2:1251204/150‑1 (MQ=255) tttgttGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGa < 1:1311478/150‑1 (MQ=255) tgttgtTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAAc < 2:1383242/150‑1 (MQ=255) tgttgtTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAAc < 1:684861/150‑1 (MQ=255) gttgttAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACAGGAGTTTATTTCATGAACt > 1:1848248/1‑150 (MQ=255) gttgttAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTATATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACt < 1:1698104/150‑1 (MQ=255) tgttAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTAt > 2:1439926/1‑150 (MQ=255) aaCTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCTAACGTTTTTATGTCTCTAGTTGTGACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAATTACTGAAATTCTCCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAgc < 1:1055653/150‑1 (MQ=255) tctTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTaaa < 1:2483318/150‑1 (MQ=255) tctTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTaaa < 1:2213208/150‑1 (MQ=255) ctTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAAt > 2:556493/1‑150 (MQ=255) tttAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAAtt > 2:596342/1‑150 (MQ=255) tttAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAAtt > 1:998364/1‑150 (MQ=255) ttAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTGATGAACTATCAGCGCTCTTAAAttt > 2:2230107/1‑150 (MQ=255) aaTTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTcc < 2:1767016/150‑1 (MQ=255) aTTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCg < 1:1686099/150‑1 (MQ=255) aTTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCg > 1:1749428/1‑150 (MQ=255) aTTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCg > 1:2033622/1‑150 (MQ=255) tttttGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCAGCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCgg < 2:1942171/150‑1 (MQ=255) tttttGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCgg < 2:1409234/150‑1 (MQ=255) ttttGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGc < 1:1084635/150‑1 (MQ=255) tttGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGcc < 1:1207180/150‑1 (MQ=255) tttGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGcc > 1:619266/1‑150 (MQ=255) gTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCttt > 2:959482/1‑150 (MQ=255) tCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCtttt > 1:2452713/1‑150 (MQ=255) aGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTaa < 1:1334574/150‑1 (MQ=255) tatttCACAAAGCTCTCCTATCGTTTTTATGACTGTCGTTGTAACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAat < 1:2001154/146‑1 (MQ=255) gATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAat < 2:84392/150‑1 (MQ=255) tatCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAatat < 2:1239520/150‑1 (MQ=255) cacaAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATAtttc > 1:2349809/1‑148 (MQ=255) cacaAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTaa > 1:1910973/1‑149 (MQ=255) acaAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACt > 1:2348887/1‑150 (MQ=255) acaAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACt < 2:2064494/150‑1 (MQ=255) caAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTg > 2:1868349/1‑150 (MQ=255) ataaGCTCTTCGATGGGTTATTTGACTCTCCTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGTCTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTTTTTCATGAAGTATCAGCGGTGTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTg < 2:2381585/148‑1 (MQ=255) aaGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGtt > 1:68914/1‑150 (MQ=255) aaGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGtt < 2:1361032/150‑1 (MQ=255) tctcCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTa > 1:1839547/1‑150 (MQ=255) tctcCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTa > 1:2148815/1‑150 (MQ=255) ccGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAAtc > 2:1115277/1‑150 (MQ=255) ccGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAAtc < 1:2454525/150‑1 (MQ=255) gAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCGGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAAtctc > 2:2077693/1‑150 (MQ=255) aCGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTccc < 2:1549536/150‑1 (MQ=255) tttATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCt > 2:695114/1‑150 (MQ=255) tATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCttt < 1:2396092/150‑1 (MQ=255) tATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCttt > 1:1275721/1‑150 (MQ=255) aTGACTCTCGTTGTCACCATTTTTCCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCtttt > 2:1103550/1‑150 (MQ=255) ctcGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGtt < 1:1742266/150‑1 (MQ=255) gTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTcc > 2:1031959/1‑150 (MQ=255) gTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTcc < 2:509820/150‑1 (MQ=255) tCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGAc < 1:1529870/150‑1 (MQ=255) ccATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATc > 1:1593869/1‑150 (MQ=255) ttttGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGttt > 2:1652056/1‑150 (MQ=255) tGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCATCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTcc < 2:1579856/150‑1 (MQ=255) tGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTcc < 1:571613/150‑1 (MQ=255) tccccAGTCCAGCACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCCTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCt > 2:336578/2‑150 (MQ=255) gCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCt > 1:651813/1‑150 (MQ=255) ccccAGTCCAGCACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTc > 1:278256/1‑150 (MQ=255) cccAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCg > 1:631600/1‑150 (MQ=255) cccAGTCCAGCACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCg > 1:2279004/1‑150 (MQ=255) cAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGaa < 1:2442967/150‑1 (MQ=255) gTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAAc < 2:2319793/150‑1 (MQ=255) gTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAAc < 1:832293/150‑1 (MQ=255) cTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATg > 2:1688876/1‑150 (MQ=255) | CAAATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGGAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATG > NC_000913/1412883‑1413179 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |