Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 127,603 | C→G | 5.7% | intergenic (+16/‑309) | aceF → / → lpd | pyruvate dehydrogenase, E2 subunit/lipoamide dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 127,603 | 0 | C | G | 5.7% | 511.6 / 14.2 | 151 | intergenic (+16/‑309) | aceF/lpd | pyruvate dehydrogenase, E2 subunit/lipoamide dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (81/60); new base G (4/5); total (86/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.79e-01 |
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
AAGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAACGGCCGGCTTTTTTCTGGTAATCTCATGAATGTATTGAGGTTATTAGCGAATAGACAAATCGGTTGCCGTTTGTTGTTTAAAAATTGTTAACAATTTTGTAAAATACCGACGGATAGAACGACCCGGTGGTGGTTAGGGTATTACTT > NC_000913/127454‑127752 | aaGAGTTCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGccc < 1:2076078/150‑1 (MQ=255) tCGTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAAcggc < 1:1382989/150‑1 (MQ=255) gTGCCGCGTCTGATGCTGCCGATTTCTCTCTCCTTCGACCACCGCGTGATCGACGGTGCTGATGGTGCCCGTTTCATTACCATCATTAACAACACGCTGTCTGACATTCGCCGTCTGGTGATGTAAGTAAAAGAGCCGGCCCAAcggccg < 1:1795320/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |