| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,520,080 | G→T | 5.6% | intergenic (+16/‑182) | curA → / → mcbR | NADPH‑dependent curcumin/dihydrocurcumin reductase/DNA‑binding transcriptional dual regulator McbR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,520,080 | 0 | G | T | 5.6% | 508.7 / 11.4 | 150 | intergenic (+16/‑182) | curA/mcbR | NADPH‑dependent curcumin/dihydrocurcumin reductase/DNA‑binding transcriptional dual regulator McbR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (67/74); new base T (3/6); total (70/80) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATGCAG > NC_000913/1519933‑1520226 | gTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTa > 1:1565576/1‑150 (MQ=255)atGAAAGAGCATAAAATCCACAACAGAGAAGAAATTACTGACAGTTTAGAGAATGATCCAAAAAAAAAAAACGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTa > 2:1505998/2‑150 (MQ=255) gAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAg > 1:554288/1‑150 (MQ=255) 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agGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAgccgcc < 2:1895966/150‑1 (MQ=255) ggATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCa > 2:1332447/1‑150 (MQ=255) ggATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCa > 1:295988/1‑150 (MQ=255) gATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgt < 1:760745/150‑3 (MQ=255) aTAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCTTACgccgccgtt < 1:2084244/150‑4 (MQ=255) 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aaTTACTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTAt < 1:2329264/150‑1 (MQ=255) cTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGCTTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCa > 2:1781823/1‑150 (MQ=255) cTGACGGTGTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCa > 1:2038311/1‑150 (MQ=255) aCGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCt < 2:1181018/150‑1 (MQ=255) tttAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTttaa > 1:2296483/1‑150 (MQ=255) tAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGgcggcg > 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gatgatTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAgg > 2:51327/1‑150 (MQ=255) gatTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGa > 1:538492/1‑150 (MQ=255) aaaGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTc < 2:1115356/150‑1 (MQ=255) aaGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTcc < 2:1853047/150‑1 (MQ=255) aaGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTcc > 1:884234/1‑150 (MQ=255) 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ggcggcGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATg < 1:295252/150‑1 (MQ=255) | GTGAAAGAGGATAAAATCCACTACCGCGAAGAAATTACTGACGGTTTAGAGAATGCGCCACAGACGTTTATCGGCCTGCTGAAGGGTAAAAACTTCGGCAAAGTGGTGATCCGCGTGGCGGGTGATGATTAAAGTTTCAACGGCGGCGTAAGCCGCCATAAAAATCCAGGCAAAAAGCTTATTTTCAGCTTTAATTAACTAACCACATCATTGTTCTGCTGCTAATAACAACAAAGGTGAGTGGTTTATGATTATTCACTTTAATACACCAGGTGAATTCCTTCTGCCATGCAG > NC_000913/1519933‑1520226 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |