Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,533,707 | G→T | 5.3% | P49T (CCT→ACT) | yddH ← | flavin reductase‑like protein YddH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,533,707 | 0 | G | T | 5.3% | 408.7 / 6.5 | 120 | P49T (CCT→ACT) | yddH | flavin reductase‑like protein YddH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (59/54); new base T (4/3); total (63/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
TATCTTCATCACGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCAAACTCCACCGGCATTGACCAGGCTGCAGCCATAATGTTACGCCGCTGGGATTGCTCATCGAAACTGGTGATCAAGACCGTTGGGCCATGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTA > NC_000913/1533560‑1533855 | tATCTTCATCACGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGtt < 1:1184802/150‑1 (MQ=255) cTTCATCACGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCaa > 1:2114815/1‑150 (MQ=255) cTTCATCACGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCaa > 2:2137998/1‑150 (MQ=255) ttCATCACGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCaaa > 1:367560/1‑150 (MQ=255) tcaCGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCAAACTcc < 2:659033/150‑1 (MQ=255) cGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCAAACTCCAcc < 1:578941/150‑1 (MQ=255) cGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCAAACTCCAcc > 1:1622766/1‑150 (MQ=255) gCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCAAACTCCACCg > 1:2226286/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |