Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,533,713 | A→C | 5.5% | F47V (TTT→GTT) | yddH ← | flavin reductase‑like protein YddH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,533,713 | 0 | A | C | 5.5% | 362.7 / 9.4 | 124 | F47V (TTT→GTT) | yddH | flavin reductase‑like protein YddH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (61/56); new base C (4/3); total (65/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 130 total aligned reads displayed.
TTCATCACGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCAAACTCCACCGGCATTGACCAGGCTGCAGCCATAATGTTACGCCGCTGGGATTGCTCATCGAAACTGGTGATCAAGACCGTTGGGCCATGATTTAACAGACGGCTGGCATGGTGTAATTCTATGGGGATGAATCGGCTCATGGTATCGCCT > NC_000913/1533564‑1533861 | ttCATCACGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCaaa > 1:271518/1‑150 (MQ=255) ttCATCACGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCaaa > 1:367560/1‑150 (MQ=255) aCGCCCCGACACACTTCCCACCGCCCACGTCCAGTTAGTTGCTGCAACGCCCGGGATAACGATGCCAAATTTACCGTTATGTTCAATCAACTCCCTGGTCCATGTCGATTTATCTACCACAATCGCCACGCGTGGAGGTTCAAACTCCAc < 2:1525516/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |