Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 137,018 | G→C | 5.9% | intergenic (‑101/‑65) | yacC ← / → cueO | putative lipoprotein YacC/cuprous oxidase/multicopper oxidase with role in copper homeostasis |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 137,018 | 0 | G | C | 5.9% | 632.1 / 21.6 | 186 | intergenic (‑101/‑65) | yacC/cueO | putative lipoprotein YacC/cuprous oxidase/multicopper oxidase with role in copper homeostasis |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (93/82); new base C (7/4); total (100/86) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.50e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.56e-01 |
Only 100 of 189 total aligned reads displayed.
AGACGGCCATCAGGCTGCCGAATAACACTGTTCTGAAAAACGTCTTCATTGCTTCTACCAGGGGCTTAAAGAAGATAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGG > NC_000913/136869‑137167 | aGACGGCCATCAGGCTGCCGAATAACACTGTTCTGAAAAACGTCTTCATTGCTTCTACCAGGGGCTTAAAGAAGATAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCg < 1:403492/150‑1 (MQ=255) gCCATCAGGCTGCCGAATAACACTGTTCTGAAAAACGTCTTCATTGCTTCTACCAGGGGCTTAAAGAAGATAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAgg > 1:97578/1‑150 (MQ=255) ccATCAGTCTGCCGAATAACACTGTTCTGAATAACTTCTTCATTGCTTCTACCAGGGGCTTAAAGAAGATAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTATATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAggg < 1:2441802/150‑1 (MQ=255) 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cTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCcgcg < 1:303623/150‑1 (MQ=255) ttGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCgcgc > 1:1057589/1‑150 (MQ=255) tagtccTTCCCCTTACGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCgcgc > 2:622374/5‑150 (MQ=255) taCCTTCACGTAAGGGGAATGACTATGCTCAACGTTTTATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAg < 2:1103234/149‑1 (MQ=255) aCCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGAAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGt > 2:1594607/1‑150 (MQ=255) 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ccGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTGTCGCCTGCTTAAGAATAACGAAATAACAATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTCGGTGAGGCTTCGGCTTTGACGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGc > 1:1298423/1‑150 (MQ=255) gTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCgg < 1:1034615/150‑1 (MQ=255) | AGACGGCCATCAGGCTGCCGAATAACACTGTTCTGAAAAACGTCTTCATTGCTTCTACCAGGGGCTTAAAGAAGATAAACGTTAGCACACTGCGAGCGAGGCGACGACCATTATTGTCGATTAAATTGTGTCTGCGGCTTGACCTTCCCGTAAGGGGAAGGACTATGCTCAACGTTTGATTTTGTTTCGCCTGCTTAAGAATAAGGAAATAACTATGCAACGTCGTGATTTCTTAAAATATTCCGTCGCGCTGGGTGTGGCTTCGGCTTTGCCGCTGTGGAGCCGCGCAGTATTTGCGG > NC_000913/136869‑137167 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |