Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 1,598,529 | A→T | 6.3% | intergenic (‑443/+88) | yneO ← / ← lsrK | AIDA‑I family autotransporter YneO/autoinducer‑2 kinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,598,529 | 0 | A | T | 6.3% | 514.6 / 16.4 | 159 | intergenic (‑443/+88) | yneO/lsrK | AIDA‑I family autotransporter YneO/autoinducer‑2 kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (64/85); new base T (4/6); total (68/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.03e-01 |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
GAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGATGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCTGAT > NC_000913/1598380‑1598678 | aaGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTaa < 1:2352290/150‑1 (MQ=255) aaGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTaa < 1:1827567/150‑1 (MQ=255) tttATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACaa > 1:412626/1‑150 (MQ=255) ttattaAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAg > 2:1052804/1‑150 (MQ=255) ttattaAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAg < 1:281660/150‑1 (MQ=255) ttattaAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAg < 2:84108/150‑1 (MQ=255) tattaAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGc < 2:97652/150‑1 (MQ=255) tattaAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGc > 1:1190207/1‑150 (MQ=255) 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ccccTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGctct > 2:1967383/1‑150 (MQ=255) ccTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTGTTAAAAGCCAGcttgca < 2:950270/150‑5 (MQ=255) ccTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTGTTAAAAGCCAGcttgca < 2:1485574/150‑5 (MQ=255) ccTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTGTTAAAAGCCAGcttgca < 2:874225/150‑5 (MQ=255) tttGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAaag < 1:1247997/150‑1 (MQ=255) 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cATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAgg < 1:1148246/150‑1 (MQ=255) tCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGa < 1:1349765/150‑1 (MQ=255) cATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGaaa > 1:1750725/1‑150 (MQ=255) aGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAg > 2:1363248/1‑150 (MQ=255) aGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAg < 2:1298457/150‑1 (MQ=255) 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aTCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGATGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGAt > 2:622258/1‑150 (MQ=255) aTCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGATGTGGCTGTCAAAGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGAt < 1:1048267/150‑1 (MQ=255) cTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGATGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTc > 1:2085048/1‑123 (MQ=255) tagaGCTGGCTTGTTAAAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGATGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAAc > 1:127848/4‑150 (MQ=255) gatcTGGCTTGTTAAAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGATGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCa > 1:484410/4‑150 (MQ=255) 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ttttAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGATGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGc < 1:100523/150‑1 (MQ=255) aaCAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGATGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCTGAt > 2:1218282/1‑150 (MQ=255) | GAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGATGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCTGAT > NC_000913/1598380‑1598678 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |