| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,707,225 | T→A | 6.5% | L103I (TTA→ATA) ‡ | rsxC → | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,707,225 | 0 | T | A | 6.5% | 373.2 / 9.9 | 119 | L103I (TTA→ATA) ‡ | rsxC | SoxR [2Fe‑2S] reducing system protein RsxC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/59); new base A (3/5); total (55/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CTGAAGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGATT > NC_000913/1707076‑1707373 | cTGAAGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCtt > 1:121664/1‑150 (MQ=255) tGAAGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCttt < 2:482318/150‑1 (MQ=255) gAAGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTa < 2:813538/150‑1 (MQ=255) 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tgtgCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTAAAGCTGaaggat < 2:689704/150‑5 (MQ=255) gTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTg < 1:760421/150‑1 (MQ=255) ttAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGa < 1:862456/150‑1 (MQ=255) ttAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGa < 2:1539570/150‑1 (MQ=255) ttAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGa > 2:277985/1‑150 (MQ=255) 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ggCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACa > 2:1706899/1‑150 (MQ=255) cTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATc < 1:1966147/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGt > 2:319844/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGt < 1:1706899/150‑1 (MQ=255) tGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGtt > 1:1229881/1‑150 (MQ=255) ccccACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGTCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGgt > 1:1339497/1‑150 (MQ=255) cccACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGgtg < 1:787898/150‑1 (MQ=255) ctACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCg > 2:1467894/1‑150 (MQ=255) ggCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCt < 1:1274994/150‑1 (MQ=255) ggCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCt < 1:1336503/150‑1 (MQ=255) gCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTTATGACGATGGTGAAGACTGCTGGATCACGCGAGACGGCTTGGCCTATTATCGAACTAGCAGTAGCGAAGAGTTAATCGAGCGAATACATCAGTTTGGTGTTGCCAGGCTg > 2:230040/1‑150 (MQ=255) gCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAATAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTg < 1:704322/150‑1 (MQ=255) cttaattCAGCTAAAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGc > 1:1834991/6‑150 (MQ=255) cttaattCAGCTAAAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATAGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGc > 2:814678/6‑150 (MQ=255) cttaattCAGCTAAAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGATGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCAAACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGc > 1:1657981/6‑150 (MQ=255) tCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCgg < 2:2176538/150‑1 (MQ=255) ccTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGt > 1:2353771/1‑150 (MQ=255) ccTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCC‑‑CGCGACGTCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGc > 2:2421598/1‑150 (MQ=255) cTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTg > 1:246675/1‑150 (MQ=255) cTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTg < 2:1229881/150‑1 (MQ=255) cTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTg > 2:501469/1‑150 (MQ=255) cAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAg < 2:172654/150‑1 (MQ=255) cAGCGTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAg < 1:458588/150‑1 (MQ=255) aGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGCTGCCGATGGTGAAGAATGCTGGATCCCGCGCGCCGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGATGGGCGGTGCAgg > 2:1037299/1‑150 (MQ=255) aGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAgg > 1:2167378/1‑150 (MQ=255) gCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGa < 2:195187/150‑1 (MQ=255) tttAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGAtt > 1:1842420/1‑150 (MQ=255) | CTGAAGGTGAGTTGTGCGTTAGCGTCGGCGATAAAGTATTGCGCGGCCAGCCGCTTACCCGTGGTCGCGGCAAAATGCTGCCTGTTCACGCGCCCACCTCGGGTACCGTTACGGCTATTGCGCCCCACTCTACGGCTCATCCTTCAGCTTTAGCTGAATTAAGCGTGATTATTGATGCCGATGGTGAAGACTGCTGGATCCCGCGCGACGGCTGGGCCGATTATCGCACTCGCAGTCGCGAAGAGTTAATCGAGCGCATACATCAGTTTGGTGTTGCCGGGCTGGGCGGTGCAGGATT > NC_000913/1707076‑1707373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |