Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 153,928 | G→A | 5.0% | S500L (TCA→TTA) | htrE ← | putative fimbrial usher protein HtrE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 153,928 | 0 | G | A | 5.0% | 504.6 / 9.5 | 160 | S500L (TCA→TTA) | htrE | putative fimbrial usher protein HtrE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (85/65); new base A (4/4); total (90/70) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.83e-01 |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
TGTTACTGTAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTTGGTTAATACTGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAATTACGCATGGATTTCGGTTCAAGATCTTGTTCGGGATGTTTCACTTCATCAATTAGAGTTAGTGCATCATTAAGACCAAGGTAATTCTGTGTCGAATAGCGATAGGCCGCGATATTCAGTGAAGTACTTGTTTCTTCGAATAAC > NC_000913/153779‑154077 | tgttactgtAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTTGGTTAATACTGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTg < 2:1464412/150‑1 (MQ=255) gtAGCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTTGGTTAATACTGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAAtt > 1:11414/1‑150 (MQ=255) gCCAATAGAGTAATTGCTACGATTTTGTCCGGAAGCCCAGTAATCGGACCAACTTCCGGAAAGATAAAATGAACCGTAATCTTTTTTCTCAAATTTCAACGGTTGGTTAATACTGACCGTAACCTGATTTTTCATGCGTGAGTAATTACg > 1:1075369/1‑150 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |